W 1502 roku, podczas jednego z napadów tatarskich, świątynia uległa częściowemu zniszczeniu. Podczas odbudowy przeprowadzanej przez kanclerza wielkiego koronnego Krzysztofa Szydłowieckiego, w znacznym stopniu zmieniono wystrój wnętrza kościoła. Nieco później /kanclerz zmarł 31 grudnia 1532 roku/ powstał najcenniejszy element opatowskiej świątyni – zespół renesansowych na-grobków rodziny Szydłowieckich.
Płytę nagrobną Anny Szydłowieckiej, córki kanclerza, wykonał w 1536 roku przybyły z Italii Bernardo Zanobi de Gianotis. Nad nią umieszczono dziecięcy nagrobek jej brata, Ludwika Mikołaja, przypisywany samemu Bartłomiejowi Berecciemu, pochodzący z roku 1525. I wreszcie dzieło najznakomitsze, nagrobek Krzysztofa Szydłowieckiego.
Nagrobek ten, początkowo znajdował się w prezbiterium. Przeniesiony do transeptu na początku XVIII stulecia, został wadliwie zestawiony. Wykonali go w latach 1533-36 dwaj Włosi, zatrudnieni uprzednio przy budowie wawelskiej kaplicy Zygmuntowskiej, sieneńczyk Giovanni Cini i rzymianin Bernardo Zanobi de Gianotis. Nieprawidłowy montaż bardzo popsuł kompozycję nagrobka, niwecząc jego architektoniczną zwartość, ale mimo tego dzieło reprezentuje bardzo istotny etap na drodze rozwoju renesansowych nagrobków polskich .
Centralny element stanowi płyta przedstawiająca kanclerza w pozycji leżącej. Szydłowiecki ubrany jest w przepyszną zbroję, a materiał z którego płytę wykonano – brąz – znakomicie oddaje charakter materiału z którego w rzeczywistości zrobiono zbroję. Nie wykluczone, że Szydłowiecki, który nagrobek zamówił jeszcze za życia, szczegółowo określił jak ma zostać przedstawiony /i w towarzystwie jakich atrybutów swej potęgi i władzy/. Ale już tylko talent artysty sprawił, że twarz kanclerza oddana została z mistrzowskim, portretowym niemal realizmem.
Poniżej postaci kanclerza umieszczono płytę o charakterze fryzu nazywaną „Lamentem opatowskim”. Jest to dzieło pod każdym względem wyjątkowe. Tematem, jak zresztą sama nazwa wskazuje, jest scena zbiorowego żalu i rozpaczy, żalu spowodowanego być może śmiercią kanclerza, czy też jak utrzymują niektórzy, żałoby wywołanej zajęciem przez Turków wyspy Rodos w roku 1523 / będącej do tego czasu we władaniu Joannitów/. Partię środkową „Lamentu”, skomponowanego na zasadzie tryptyku, tworzy grupa ludzi siedzących przy stole. W grupie tej łatwo rozpoznać można postać hetmana Jana Tarnowskiego, a towarzyszą mu prawdopodobnie związani z królewskim dworem humaniści. Postać zajmująca centralne miejsce, nie przypomina jednak wcale króla Zygmunta I, i to ani wyglądem ani nawet strojem.
Twórca „Lamentu” nie jest znany. Mógł być nim Polak, lecz równie dobrze i Włoch, bowiem wielu z nich zdołało wówczas silnie wrosnąć w polską rzeczywistość. Pewne jest też, że odlane w brązie dzieło powstało w Krakowie i że jego autor był doskonałym fizjonomistą, a można by nawet rzec, że także kimś w rodzaju prekursora dzisiejszych reżyserów wielkich zbiorowych scen w widowiskach dramatycznych czy operowych. Paradoksem czasów renesansu jest to, że „Lament opatowski”, dzieło tak pełne życia, może stanowić element nagrobka, i że nie ma w tym doprawdy niczego niestosownego!