Kościół parafialny w Skotnikach również powstał dzięki funduszom rodziny Bogoriów Skotnickich – konkretnie, fundatorem był Jarosław Bogoria ze Skotnik Skotnicki, arcybiskup gnieźnieński. Za datę fundacji przyjmuje się rok 1347, choć do konsekracji świątyni doszło dopiero w 1370 roku. Kościół, którego patronem jest św. Jan Chrzciciel, był gruntownie odnawiany w drugiej połowie XVIII wieku, a po raz drugi po I wojnie światowej. Należy on do grupy gotyckich kościołów jednofilarowych, charakterystycznych dla czasów Kazimierza Wielkiego.
Budulec stanowiła cegła układana w wątku polskim, z użyciem zendrówki. Nawę zbudowano na planie prostokąta, proporcjami niewiele różniącego się od kwadratu. Początkowo nawa przykryta była drewnianym stropem, później – być może pod koniec czternastego stulecia – nakryto ją gwiaździstym sklepieniem o kamiennych żebrach, wspartych na przyściennych wspornikach i centralnie usytuowanym filarze. Filar ten posiadał pierwotnie przekrój sześciokąta, ale podczas remontu przeprowadzanego około 1770 roku znacznie go pogrubiono. Na zwornikach sklepiennych umieszczony jest herb Bogoria, podobnie zresztą jak i w prezbiterium, które posiada sklepienie krzyżowo – żebrowe.
Prezbiterium jest węższe i niższe od nawy, do której otwarte jest ostrołukowym otworem tęczowym. Zakrystia dobudowana jest do północnej ściany prezbiterium, a kompozycje brył, z których kościół się składa, uzupełnia kruchta dostawiona do nawy od strony południowej, przebudowana na neogotycka w 1918 roku. W portalu prowadzącym do nawy, pięknie profilowanym, umieszczono drzwi żelazne, okute w skośna kratę z rozetkami oraz tarczą z herbem Bogoria. Podobne drzwi prowadzą z prezbiterium do zakrystii. O kościele w Skotnikach tak napisał Kazimierz Stronczyński w opublikowanej w połowie XIX stulecia relacji z prac „delegacji” do opisu zabytków starożytności w Królestwie Polskim: „Budowla zdrowo dochowana i w tym osobliwa, że nie ma głównego wejścia w ścianie naczelnej, co przypominać miało, że założyciel jego bocznymi ścieżkami idąc, arcybiskupiej dostąpił mitry. Osobliwość ta znajduje się i w innych, przez Jarosława fundowanych kościołach”.
Fasada zachodnia – istotnie, zamiast drzwi – ma na osi skarpę. Zwieńczona jest nie wykończonym szczytem z lizenowymi podziałami – szczyt przebudowany został w II połowie XIX wieku i przekształcony podczas remontu w okresie międzywojennym. Dach nad nawą jest dwuspadowy i posiada bardzo stare, storczykowe wiązanie. Początkowo pobity był gontem, obecnie zastąpionym przez blachę. Sygnaturka wieńcząca dach, o nie najlepiej pasujących do reszty kościoła zarówno detalu jak i proporcjach, pochodzi z roku 1832.
Wnętrze kościoła niewiele zachowało z czasów gotyku – poza resztkami gotyckiej polichromii ze scenami z życia Chrystusa, stylem dominującym jest tutaj rokoko. Nawę zdobi stiukowa dekoracja, wykonana około 1770 roku, podobnie jak wyposażenie, dzieło zapewne warsztatu sandomierskiego. Ołtarz główny z rzeźbionym krucyfiksem i posągami: patrona kościoła, św. Jana oraz Matki Boskiej Bolesnej. Ambona posiada bardzo bogatą dekorację snycerską, powiązaną z dekoracją boazerii ścian prezbiterium.
Do parafii w Skotnikach należą (prócz Skotnik) wsie: Bogoria, Kamieniec, Ostrołęka i Szewce, łącznie ponad półtora tysiąca wiernych.