Za najstarszą tutejszą parafię uważa się parafię w pobliskim Wierciczowie, która wzmiankowana była w roku 1326. Pierwotny kościół parafialny, już w samym Pińczowie, zbudował podobno około roku 1380 Jan Oleśnicki. Obecny, pod wezwaniem św. Jana, ufundowany został w roku 1430 przez biskupa Zbigniewa Oleśnickiego i jego brata, Jana Głowacza. W roku 1436 do kościoła dobudowano klasztor, w którym Oleśnicki osadził paulinów. Potem, w roku 1449 Oleśnicki oddał kościół paulinom, przekazując im także całe uposażenie parafii pińczowskiej i kościoła w Wierciczowie, któremu jednocześnie cofnięto uprawnienia parafialne.
W okresie reformacji, dziedzic miasta, Mikołaj Oleśnicki wypędził z miasta paulinów, a klasztor zniszczył, wprowadzając swój „porządek religijny”. Po roku 1586 uznać można, że życie religijne w Pińczowie wróciło do normy, a paulini z powrotem objęli i klasztor i kościół. Na początku XVII stulecia przebudowano gruntownie kościół i budynki klasztorne, a potem kościół ok. roku 1642. Świątynię restaurowano znowu w 1682 i przed połową wieku XVIII.
Kościół stylowo jest późnorenesansowy, z wyraźnie widocznymi pozostałościami pierwotnego, jednonawowego kościoła gotyckiego, fundacji braci Oleśnickich. Obecnie jest on trójnawowy o układzie bazylikowym. Do czteroprzęsłowego korpusu dostawiona jest od zachodu kruchta, w przyziemiu gotycka, wyżej nadbudowana w wieku XVII. Od strony południowej do korpusu przylega kwadratowa, kopułowa kaplica Aniołów z lat 1720 – 23. Prezbiterium jest dwuprzęsłowe, z półkolistym zakończeniem. Przylega do niego przybudówka stanowiąca przedłużenie nawy północnej, zawierająca w przyziemiu zakrystię z przedsionkiem i korytarzykiem, a na piętrze dawne oratorium zakonne, obecnie użytkowane jako składzik. Nawa główna i prezbiterium nakryte są sklepieniami kolebkowymi, zaś nawy boczne sklepieniami kolebkowo – krzyżowymi. Z okresu gotyckiego zachowały się w kruchcie: sklepienie krzyżowo-żebrowe o zworniku z herbem Dębno i kamienny portal ostrołukowy, profilowany. W wyposażeniu wnętrza świątyni dominującym stylem jest barok, choć są tu też elementy późnorenesansowe.
Poprzedzająca kruchtę wolnostojąca, barokowa dzwonnica zbudowana została w latach 1685 – 91 przez mistrza murarskiego Wojciecha Trybulskiego. Ma ona dwie kondygnacje, z których dolna stanowiła początkowo bramę prowadząca na przykościelny cmentarz. Dzwonnicę nakrywa łamany, namiotowy dach, zwieńczony iglicą z krzyżem.
Budynek klasztoru jest wczesnobarokowy. Pochodzi z 1. połowy XVII stulecia, ale ma częściowo zachowane pierwotne, gotyckie mury. Zbudowany z kamienia piętrowy gmach składa się z czterech skrzydeł otaczających prostokątny wirydarz. Każde skrzydło jest dwutraktowe, z wewnętrznym, węższym traktem stanowiącym krużganek. W krużgankach i w większości pomieszczeń zachowały się sklepienia kolebkowo – krzyżowe albo kolebkowe z lunetami. Elewacje są tu bardzo proste – jedyną ich dekorację stanowią późnorenesansowe obramienia okienne oraz portale, z których zdecydowanie wyróżnia się wczesnobarokowy portal główny, umieszczony na osi skrzydła zachodniego. Nieco plastyki w dni słoneczne nadaje elewacjom silnie wysadzony okap. Klasztor połączony jest z kościołem potężną arkadą, na której na poziomie piętra wykonano galerię, prowadząca z pomieszczeń klasztornych do umieszczonego nad zakrystią oratorium.