Jędrzejowskie opactwo należy do najstarszych ośrodków cysterskich, które powstały na terenach Polski. Do powstania opactwa przyczyniły się głównie fundacja Janika Gryfity z 1140 roku, który później został arcybiskupem gnieźnieńskim. Nowopowstały klasztor uposażył on swoimi własnymi dobrami. Wsparcie materialne uzyskali jędrzejowscy cystersi także od sandomierskiego rycerstwa ale przede wszystkim od krakowskich biskupów – najpierw Radosta a potem Gedki. Na siedzibę powstającego opactwa wybrano istniejącą osadę nazywaną Brzeźnica, posiadającą już kościół parafialny, nadający się do przejęcia przez cystersów i przeznaczenia go na oratorium. Nazwę Jędrzejów – po łacinie Andreovia – używać zaczęto od roku 1152.
Klasztor został doskonale uposażony; jego oprawę stanowiły 24 wsie oraz liczne dochody z dziesięcin, ceł targowych i karczemnych. Dobra gospodarka i świetna organizacja, jaką prezentował jędrzejowski klasztor sprawiły, że na jego bazie powstały w Polsce kolejne konwenty: w Ludźmierzu /1235/, Szczyrzycu /1243/, Woszczycach /1238/, Rudach /1254/. Zgodnie z wymaganiami reguły zakonnej w pobliżu /ale w pewnej odległości/ powstało miasto stanowiące centrum administracyjne i gospodarcze całego kompleksu zakonnych włości. Prawa miejskie /magdeburgię/ miasto Jędrzejów uzyskało w roku 1271.
Najstarsze, wschodnie skrzydło klasztoru powstało w 1. połowie XII stulecia, na przedłużeniu południowego ramienia transeptu „cysterskiego” kościoła. Nie dotrwało ono do naszych czasów, gdyż rozebrano je na początku XX wieku. Jedyną pozostałością są ślady ostrołukowych gurtów jego sklepienia widoczne na południowej elewacji kościoła. Kapitularz był kwadratowy i nakrywały go sklepienia krzyżowo-żebrowe o dziewięciu przęsłach, wsparte poprzez gurty na czterech filarach. Ściana oddzielająca kapitularz (znana z zachowanych fotografii) miała na środku portal, a po jego bokach dwudzielne przezrocze okna. Za kapitularzem, zgodnie ze zasadami budowy cysterskich klasztorów, była klatka schodowa wiodąca do umieszczonych na piętrze dormitoriów, potem sień, a na końcu prostokątna fraternia. Pod fraternią – wykorzystano tu spadek terenu- znajdowały się piwnice.
Zachowały się, chociaż przekształcane, pozostałe skrzydła klasztoru. Nie zachował się natomiast pierwotny refektarz, odkryty podczas badań archeologicznych z lat 1996-8. Znajdował się on w południowym skrzydle, usytuowany prostopadle do osi krużganka i miał wymiary 9,5 na 19 metrów. Z reliktów, które przetrwały wiemy, że refektarz zbudowany był z cegły, identycznej jak użyta we wschodnim skrzydle.
Od zewnątrz klasztorne budynki prezentują się raczej skromnie. Ale wewnątrz klasztornych murów wyczuwa się szczególny nastrój, którego źródłem jest osiem stuleci istnienia budowli – tutaj ostatnie lata swego życia (1218-23) spędził Wincenty Kadłubek, autor Kroniki Polskiej.
Opactwo uległo kasacie w roku 1819. Klasztor pustoszał i popadał w ruinę. W roku 1945 cystersi powrócili do Jędrzejowa. Klasztor znów zaczął żyć, a szacowne klasztorne mury poddano pracom badawczym i konserwatorskim. Prowadzone tu badania archeologiczne wciąż przynoszą nowe i ciekawe odkrycia. W klasztorze organizowane są sesje naukowe, a także koncerty muzyki dawnej, która w takiej oprawie nabiera specjalnych walorów, niemożliwych do osiągnięcia w zwykłych salach koncertowych.