Pierwsza wzmianka o parafii w Bebelnie pochodzi z wieku XV, z czasów Długosza, który w sprawach związanych z tą miejscowością jest wyjątkowo dobrze poinformowany – jego ojciec był właścicielem części wsi nazywanej Bebelnem Wielkim lub Bebelnem Długoszy. Pierwotny kościół, który miał wezwanie Najświętszej Panny Marii i św. Mikołaja /według fałszywej erekcji z roku 1312 stanowił fundację Wisława Rokosza/, stał w zupełnie innym miejscu. Wzmiankowany w roku 1470, spalony przed 1511, potem odbudowany, jako zbór służył innowiercom w latach 1548-1618. Świątynię katolikom przywrócił tutejszy dziedzic, Piotr Gosławski. W roku 1725 stan kościoła był bardzo zły: „skutkiem starości tak się zdezelował, że trzeba było postawić nowy, którego fundatorami byli w 1745 r. Antoni i Karol Bystrzanowscy, dziedzice Bebelna” czytamy w pracy księdza Wiśniewskiego.
W roku 1777 dobudowano od strony północnej obszerną zakrystię oraz kruchtę. Nietypowe usytuowanie kruchty /zwykle dostawiano ją od południa lub zachodu/ wynika z usytuowania kościoła po południowej stronie drogi wiodącej do Lipnic. Druga kruchta, zachodnia, powstała później – informację o niej podaje lustracja z roku 1818, gdzie można też wyczytać, że kościół zbudowany był z drewna modrzewiowego, pobity gontem, a posadzka była w nim częściowo kamienna, częściowo ceglana. Poważny remont nastąpił w roku 1836 – sfinansowali go właściciele wsi wchodzących w skład parafii: wykonano nową podmurówkę, podciągnięto przyciesie, dach pokryto nowymi gontami. W latach 1882-89 oszalowano zewnętrzne ściany kościoła, a w roku 1903 przy okazji kolejnego, dość gruntownego remontu, korpus świątyni przedłużono o około 5 metrów w kierunku zachodnim, likwidując zachodnią kruchtę. Całkowicie zmieniono też kształt i wielkość sygna-turki. Wcześniejszą, znacznie mniej okazałą, zobaczyć można na rysunku Jana Olszewskiego wykonanym w tym samym co remont – 1903 roku .
Kościół z Bebelna jest orientowany /czyli ołtarzem zwrócony ku wschodowi/ i – jak zdecydowana większość świątyń drewnianych – jednonawowy. Węższe od nawy prezbiterium zamknięte jest trójbocznie. Obie bryły nakrywa wspólny dach o wspólnej kalenicy i jednakowym kącie nachylenia połaci, silnie nadwieszony nad prezbiterium, nawiązujący do drewnianych, gotyckich kościołów Wielkopolski. Nawa i prezbiterium mają konstrukcję zrębową, spiętą lisicami i przykrytą szalunkiem, którego ustawione pionowo deski pomalowane są na kolor szaro-niebieski.
Stylowo – kościół jest barokowy, choć cechy te mocno zatarła rozbudowa z początków XX stulecia i zastąpienie gontów blachą, co stało się w roku 1968.