Wnętrze kościoła nakryte jest drewnianym, kasetonowym stropem. Jest mocno wydłużone, przez co – być może – zamykający je neogotycki ołtarz, wykonany z szarego kamienia (kupiony w roku 1892 przez ks. M. Karwasińskiego w Sulisławicach), sprawia wrażenie zbyt skromnego. A przecież umieszczono w nim przepiękną figurę Madonny z Dzieciątkiem, wyrzeźbioną w lipo-wym drewnie w końcu XV stulecia. Figura Madonny jest najstarszym elementem wyposażenia świątyni. O przeszło sto lat „młodsza” od niej jest płyta epitafijna z roku 1614, syna i córki P. Kunowskiego, dziedzica Baćkowic.
W kaplicy północnej umieszczony jest ołtarz św. Mikołaja, patrona kościoła, zaś w południowej – Matki Boskiej Częstochowskiej, z kopią Jasnogórskiego obrazu. Pierwotnie była to kaplica Matki Boskiej Różańcowej. Bliżej wejścia, także przy ścianie południowej, stoi ołtarz Serca Jezusowego, wykonany w roku 1902, ufundowany przez parafian, którzy wyjeżdżali „za chlebem” do Stanów Zjednoczonych. Naprzeciwko, na północnej ścianie, wisi XVII-wieczny krucyfiks.