Pierwotny kościół istniał w Baćkowicach już w czasach Jana Długosza (1470 r.) i zbudowany był z drewna. Był on filią łagowskiego kościoła parafialnego. Ciekawostką jest, iż ówczesny łagowski proboszcz, upodobał sobie Baćkowice, tam też zamieszkiwał, często w swej kapłańskiej posłudze w Łagowie – wyręczając się wikarym. Z nieznanych nam bliżej przyczyn (pożar lub może rozbiórka ze względu na zły stan techniczny?) istnieć przestał, a w roku 1599 zastąpiony został przez nowy obiekt, także drewniany. Ponieważ ten nowy kościół był niemal rówieśnikiem kościoła z Glinian (koło Ożarowa), można pokusić się o hipotezę, że mógł być do niego podobny. Byłby wówczas reprezentantem typu Małopolskiego, z jednokalenicowym dachem, wspólnym dla nawy i zakończonego wielobocznie prezbiterium, nad bocznymi partiami nawy wspartym na tak zwanych „zaskrzynieniach” – konstrukcji charakterystycznej dla późnogotyckich kościołów Małopolski. Ksiądz Wiśniewski, opierając się na dawnym inwentarzu, pisał iż kościół ten miał sześć okien z szybkami oprawnymi w ołów, zaś na belce tęczowej umieszczony był krucyfiks.
Na mapie Meyera von Heldensfelda z pierwszych lat XIX stulecia widać, że kościół ten stał w pobliżu obecnego kościoła – na północ od niego a na południe od baćkowickiego cmentarza. Stał ponad dwa i pół stulecia. W latach 60. XIX stulecia, kiedy proboszczem był ks. Marceli Krzemiński, zapadła decyzja, by starego i mocno zniszczonego kościoła już nie remontować i zastąpić go nową, murowaną świątynią.