Duchowe (a za nim także materialne) odrodzenie świętokrzyskiego konwentu nastąpiło za czasów opata Stanisława Sierakowskiego (1636 – 62) głównie dzięki jego osobistym działaniom. Odnowił on kontakty z legendarną macierzą benedyktynów, z klasztorem na Monte Cassino. Co do materialnych zasług opata – to wymienić tu trzeba ufundowany przez niego srebrny relikwiarz o kształcie owalnego słońca i sprowadzenie z Rzymu kopii obrazu Matki Boskiej Bolesnej z Aracoeli. Kościół rozbudowano; dwie barokowe wieże ozdobiły główną elewację świątyni, a jej wnętrze uzyskało barokowy wystrój. Dalsze prace wstrzymał najazd szwedzki. Prace budowlane podjęto po ustąpieniu Szwedów, ale rozpoczętą budowę nowego (zachodniego) skrzydła klasztoru zakończono dopiero przed rokiem 1701.
Pożar z roku 1777 przyniósł kościołowi i klasztorowi dotkliwe straty. Ale jeszcze większe zniszczenie zafundował świętokrzyskim budowlom klasztorny architekt, nazwiskiem Stefan Wercel, który był tak gorliwym zwolennikiem nowoczesności, że gdyby go nie powstrzymano, zniszczyłby wszystko co ocalało z pożogi. Gdy usuwano go z funkcji, przystępował właśnie do rozbiórki gotyckich krużganków.
Opracowanie projektu kapituła powierzyła księdzu Józefowi Karśnickiemu. Wykorzystał on projekty elewacji szczytowych przysłane z Włoch przez opata Niegolewskiego. Budowana przez ponad dwadzieścia lat świątynia uzyskała późnobarokowy wystrój zewnętrzny i skromne, klasycystyczne wnętrze. Prace prowadzone pod kierunkiem najpierw Dominika Pucka a potem Józefa Janowicza, uwieńczone zostały konsekracją dokonaną w 1806 roku.
Wybudowano wówczas na osi frontowej elewacji wysoką wieżę, na którą wchodziło się po 122 stopniach. W połowie wysokości hełmu wieży znajdował się balkonik, z którego przy dobrej pogodzie patrząc ku wschodowi zobaczyć można było brzeg Wisły, a na południe pierwsze łańcuchy Karpat. W roku 1914 wieża została wysadzona w powietrze przez wycofujące się wojska austriackie. Zadecydowały względy militarne. Niemal równie idiotyczną decyzje podjęto w latach sześćdziesiątych kończącego się obecnie stulecia. W oparciu o kryteria nie mające nic wspólnego z zasadami estetyki ani poszanowania krajobrazu naturalnego i kulturowego, na Świętym Krzyżu wybudowano żelbetową wieżę telewizyjną, wysoką na 130 metrów. Zapewnia ona odbiór programów telewizyjnych w promieniu kilkudziesięciu kilometrów, szpeci jednakże potwornie świętokrzyski krajobraz. Być może w dobie rozwoju telewizji satelitarnej wartoby poprosić o pomoc Austriaków o odbudowę zniszczonej przez nich wieży kościelnej, jako zadośćuczynienie za ich barbarzyństwo z roku 1914, i o wysadzenie w powietrze wieży telewizyjnej.
Kończąc, myślę że należałoby choć wspomnieć o jeszcze jednej roli pełnionej przez klasztor na Świętym Krzyżu. Od 1882 roku mieściło się tu więzienie, które przetrwało i carat i II Rzeczpospolitą, a uważane było za najcięższe w Polsce. Więźniami Świętego Krzyża byli miedzy innymi Sergiusz Piasecki i ukraiński przywódca Stepan Bandera. Do więzienia wchodziło się przez trzy bramy. Na ostatniej (a pierwszej licząc od „wolnego świata”) widniał napis: „Idź i więcej nie wracaj”.