„W 1222 r. Żegota, kasztelan krakowski, powodowany miłością ku Bogu i bliźnim, postawił w Sandomierzu kościół i szpital pod wezwaniem Ducha św., przy którym osadził zakonników, których zadaniem było opiekować się chorymi. Nosili oni suknie czarne, takież płaszcze, na których wyszyte były podwójne, białe krzyże…” – pisze ksiądz Wiśniewski o początkach tego sandomierskiego kościoła. Myli się tu co do daty fundacji – nastąpiła ona bowiem w roku 1292.
Każdy turysta idąc od bramy Opatowskiej ku Rynkowi, przechodzi obok tego kościoła. Niestety, jego klasycystyczna elewacja z roku 1829 jest tak mało efektowna, że łatwo jest świątynię ominąć, nie zauważając jej. Pierwotny kościół zlokalizowany został na skraju miasta, późniejszy rozwój Sandomierza sprawił, że kościół znalazł się w jego centrum. Zresztą z pierwotnego obiektu chyba nic nie przetrwało, podobnie jak z niewiele późniejszego domu beginek, ufundowanego przy kolegiacie. Ocalały natomiast elementy gotyckie, choć znacznie je przekształcono: prawdopodobnie w 2. połowie XVII stulecia oraz po pożarze w roku 1757, kiedy dokonano barokizacji wnętrza.
Kościół murowany jest z cegły. Nawa ma plan zbliżony do kwadratu, co może sugerować, iż pierwotnie sklepienie jej wspierało się na stojącym po środku filarze. Prezbiterium jest znacznie od nawy węższe; jest ono dwuprzęsłowe, zamknięte wielobocznie. Przy prezbiterium od południa dostawiona jest wieloboczna zakrystia, a od północy dwuprzęsłowa przybudówka zawierająca przedsionek i składzik. Przy wschodniej części nawy dobudowana jest kwadratowa kaplica Jezusa Miłosiernego, prawdopodobnie z 2. połowy XVII stulecia. Była tez przy kościele kaplica północna, ale nie zachowała się. W zachodnią część nawy wbudowano w 3. ćwierci wieku XVIII późnobarokowy chór muzyczny. Nawę nakrywają sklepienia żaglaste z nieregularnymi lunetami, podobne sklepienia są nad prezbiterium. Pochodzą one z osiemnastowiecznej przebudowy.
Prezbiterium i wschodnie naroża nawy od zewnątrz opinają szkarpy. Zachowały się też gotyckie okna, ciosowy gzyms kapnikowy na ścianie prezbiterium, a na ścianie nawy gotycki fryz wieńczący, wykonany z cegieł układanych „w jodełkę”. Dachy świątyni są dwuspadowe, a wschodni szczyt nawy, prawdopodobnie siedemnastowieczny, zdobią wolutowe spływy. Klasycystyczna fasada rozczłonkowana jest pilastrami dźwigającymi trójkątny fronton na tle muru attykowego ze schodkowym zwieńczeniem. Na frontonie umieszczono „Oko Opatrzności”, a na gzymsowaniu napis „Święć się Imię Twoje”. Wnętrza kościoła są późnobarokowe i rokokowe.
Z dawnych budynków szpitalnych nic nie pozostało. Ostatni, stojący na południe od kościoła, rozebrano w roku 1820. Obecne późnoklasycystyczne budynki zbudowano staraniem przełożonej sióstr, Ewy Jabłońskiej, po przejęciu szpitala przez Siostry Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo: budynek między nawą a Bramą Opatowską powstał w 1828, a południowy w 1836. W północnym było 5 sal i apteka, w południowym 3 sale dla dzieci, dormitorium dla sióstr, mieszkanie przełożonej, refektarz i kuchnia.
Ksiądz Wiśniewski pisze, że początkowo przy szpitalu było pięciu zakonników, w roku 1782 trzech, „wreszcie jeden pozostał, który szpitalem zarządzał do swej śmierci w 1814 r.”.