Pierzchnica, dawniej Pierśnica, a u Długosza Pirsznica, w wieku XIV była już wsią parafialną, płacąc w roku 1337 3 skojce świętopietrza. Do roku 1359 dziesięcinę z Pierzchnicy pobierał biskup krakowski. Prawa miejskie nadane zostały Pierzchnicy pomiędzy rokiem 1359 a 1397, kiedy to w dokumentach odnotowany został pierzchnicki wójt, Pietrasz, czyli w języku łacińskim: Petrassius advocatus de Pyerztnycza.
Centralnym miejscem miasteczka był /i jest/ czworoboczny rynek, przez który przebiegał dawny trakt z Kielc do Buska, dziś prowadzący przez Piotrkowice i omijający Pierzchnicę. Pierwotny, drewniany kościół parafialny znajdował się na północ od rynku, obecny wzniesiony jest w południowej części miasteczka.
Stojący w mieście w Długoszowych czasach kościół, zbudowany około roku 1470, był także drewniany, a jego patronka była św. Małgorzata. Miejscowy pleban uposażony był 3 łanami roli w Pierzchnicy i sąsiadujących z nią wsiach, a także łąkami i sadzawka rybną. Pracowało dla niego czterech zagrodników, odrabiając tygodniowo po jednym dniu pańszczyzny. Protokoły z wizytacji /z roku 1564 i 1598/ informują, ze kościół był dobrze utrzymany, a poza plebanem obsługiwał go rektora i kantor szkoły. Przy kościele i szkole była także kaplica św. Anny oraz szpital, w którym zamieszkiwało kilku ubogich, utrzymujących się z jałmużny.
Wzniesiony w XV stuleciu kościół rozebrano w roku 1840. Wówczas istniał już nowy obiekt, zbudowany w latach 1798 – 1800 z fundacji sandomierskiego wojewody, Macieja Sołtyka i jego małżonki Małgorzaty. Konsekracji dokonał w roku 1807 Jan Kanty Lenczewski, archidiakon sandomierski, sufragan lubelski. „Kościół jest zbudowany w stylu odrodzenia, beczkowo sklepiony w kształcie 5 arkad, ozdobiony gzymsem, zaś nawa – przyściennymi filarami i podwójnymi pilastrami” – tak opisuje pierzchnicką świątynię ksiądz Jan Wiśniewski. Dziś skłonni bylibyśmy raczej określić obiekt jako klasycystyczny.
Kościół zbudowany jest z kamienia i otynkowany. Nawa jest prostokątna, trójprzęsłowa, a zwrócone ku zachodowi prezbiterium jest od niej węższe i zakończone absydą. Do prezbiterium przylegają symetrycznie rozmieszczone: od południa zakrystia, od północy skarbczyk. Do nawy dobudowane są kruchta i przedsionek. Fasada świątyni jest dwukondygnacyjna. Jej górna część, węższa od dolnej, zwieńczona jest tympanonem. Dolna ma środkową partię lekko wysuniętą i po bokach zaokrągloną. Dzielące ja pilastry niosą belkowanie na którym umieszczono rodzaj attyki zwieńczonej gzymsem z dwoma posagami świętych. Nad drzwiami o klasycystycznych obramieniach znajduje się tablica erekcyjna z datą: 1800.
Wnętrza kościoła są także klasycystyczne. W ołtarzu głównym umieszczony jest obraz przedstawiający św. Małgorzatę, namalowany na początku wieku XIX. Starsze są tylko ołtarze boczne w nawie, przeniesione tu ze poprzedniego kościoła: pochodzący z początków XVII stulecia, wczesnobarokowy z współczesnymi mu obrazami Ukrzyżowania, św. Jana Ewangelisty i Marii Magdaleny oraz drugi, barokowy z końca wieku XVII, z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem.
Przed świątynią stoi klasycystyczna dzwonnica, usytuowana na jej osi, zbudowana równocześnie z kościołem, nakryta dachem namiotowym, z kopułą i iglicą.