Książę Henryk Sandomierski, wracając w roku 1154 z wyprawy krzyżowej sprowadził do Polski zakon joannitów i osiedlił ich w Zagości, dzisiaj niewielkiej nadnidziańskiej wiosce, położonej pomiędzy Pińczowem i Wiślicą . Wydarzenie to odnotowane zostało w kronikach: „...Henricus dux Sandomiriae ivit Jehrusalem ecclesiam in Zagoszcz quam contulit hospitali...” – czytamy w roczniku krakowskim. Henryk prosił tez braci swych: Bolesława i Mieczysława o zachowanie nadań, poczynione dla zbawienia dusz rodziców i własnej.
W roku 1166 Henryk zbudował kościół z klasztorem. Nadania Henryka potwierdzili: Kazimierz Sprawiedliwy, Leszek Biały, Bolesław V z matką, Grzymisławą, a na prośbę Teodoryka, przełożonego klasztoru w Zagości – w roku 1317 Władysław Łokietek.
W połowie XV stulecia – pisze w Liber Beneficiorum Długosz – Zagość jest wsią królewską, a rektorem kościoła Jan Wojsik herbu Powała, kustosz krakowski. „W roku 1599 i 1606 Zygmunt III król polski, przeznaczył probostwo w Zagości na uposażenie wikariuszów kolegiaty wiślickiej. Im tez nadał prawo prezenty. Najstarszy wikary wiślicki sprawował tu obowiązki plebana” – pisze ksiądz Wiśniewski.
W 1656 roku kościół zniszczony był przez wojska Rakoczego. Informują o tym (jak również o późniejszej odbudowie i rekonsekracji) napisy umieszczone wysoko, na ścianie tęczowej. W latach 1900- 1901 kościół został powiększony. Nawę przedłużono, dobudowano nową zakrystię oraz kaplicę. Proboszczem był w tym czasie ksiądz Marcin Religa.
Najstarsze, romańskie fragmenty kościoła odnaleźć można we wschodniej części nawy i w ścianach prezbiterium. Zachowane rzeźby syren, umieszczone we wnękach arkadowego fryzu nie posiadają w Polsce żadnych analogii; podobne są za to do detali katedry w Parmie, w mocno oddalonej od księstwa Sandomierskiego Lombardii. Obecny, gotycki kościół wzniesiony został przez Kazimierza Wielkiego. Jak głosiła wieść gminna, a odnotował w swoim Herbarzu Paprocki – jako kolejne votum za męczeńską śmierć kanonika Baryczki. Ciosowe, nie otynkowane prezbiterium jest bardzo wąskie ” ledwie dwanaście stóp szerokości mające” zamknięte jest wielobocznie. „opatrzone krzyżowem sklepieniem” – pisze ksiądz Jan. Łuki żebrowań kończą się główkami (wsporniki) najlepiej widocznymi za wielkim ołtarzem, gdzie jest okrągłe, zamurowane okno” Zworniki sklepienia zdobią piastowskie orły. Nad nawą sklepień brak – jest tu płaski drewniany sufit.
We wnętrzu kościoła wyróżnić należy sakramentarium (jak dalej pisze ksiądz Wiśniewski: „…ongi na Sanctissimum, potem na oleje św. schowanko…”) w ciosowej gotyckiej oprawie, z umieszczonym na trójkątnym szczycie krzyżem. „Po obu stronach nawy są przybudówki: od północy niska, nie sklepiona kaplica św. Izydora, a naprzeciw niej takiej samej wielkości kruchta”. Ołtarz zdobi obraz Matki Boskiej Pocieszenia z drugiej polowy XVII stulecia, wzorowany na obrazie M.B. Śnieżnej z bazyliki Santa Maria Maggiore w Rzymie. Choć salezjanin, ks. Wincenty Zaleski, w swojej książce zatytułowanej „Sanktuaria Polskie” zaliczył obraz ten do grona cudownych, to jednak jego kult nie wyszedł dotąd poza granice Ponidzia.