Ksiądz Wiśniewski pisze: „reformaci osiedli w Sandomierzu w 1672 r. Początkowo mieszkali w prywatnej kamienicy, nabożeństwo odprawiali w kaplicy Matki Boskiej, stojącej w miejscu gdzie z czasem stanął ich kościół”. Kościół „stanął” poza murami miasta, na wzgórzu, na zachód od Bramy Opatowskiej, obok nieistniejącego już drewnianego kościółka św. Wojciecha (który „zgorzał” w dniu 17 maja 1809 r. podczas walk z Austriakami). Fundatorami budowy byli Jan Kurdwanowski, sędzia grodzki sandomierski, Marcin Michał Dębicki, sandomierski podkomorzy, Piotr Opacki, kasztelan wiślicki i Aleksander Michał Lubomirski z żoną Heleną. Ksiądz Wiśniewski w gronie fundatorów wymienia jeszcze „obywatela” Wojciecha Kubickiego, który „dał plac pod budowę klasztoru i kościoła”. Pierwotne budynki klasztorne oraz kościół zbudowane były z drewna. Obecne, murowane, wznosić zaczęto w roku 1679. Za materiał do budowy posłużyła cegła z ruin zamku w Zawichoście – „…ażeby chwała Boża jak najbardziej kwitnęła…” sejm w roku 1678 zdecydował o rozbiórce podmulanych przez Wisłę murów, grożących zawaleniem. Prace przy budowlach reformackich zakończono w roku 1689 (rozebrano wtedy drewniane obiekty), a konsekracji dokonał w roku 1690 biskup Mikołaj Oborski, krakowski sufragan.
Klasztorne obiekty restaurowane były po upływie półwiecza, na przełomie 1744 i 1745 roku. W 1809 spalił się dach na kościele, spłonęło wyposażenie wnętrza, ale jak pisze ksiądz Jan: „ocalały: zakrystia, refektarz i niektóre cele. Wyrestaurowali kościół Antoni hr. Ledóchowski z Górek i ks. Jacek Kochański, proboszcz z Trójcy, zaś biskup A. Burzyński w 1824 roku dopełnił konsekracyi świątyni”.
Kościół klasztorny, którego patronem jest św. Józef, jest budowlą orientowaną, a co do cech stylowych – barokową. Składa się z prostokątnej, trójprzęsłowej nawy i węższego od niej, także prostokątnego prezbiterium. Do głównej fasady kościoła przybudowana jest kruchta, do której wchodzi się przez dziedziniec, otoczony murem z 2. połowy XVIII stulecia, w który wtopione są późnobarokowe kapliczki. Od północy do prezbiterium przylega zakrystia. Bryła kościoła jest, jak przystało na reformacką świątynię, dość surowa. Niemal ascetyczna jest jego fasada, z trójkątnym szczytem ozdobionym tylko lizenami i trójką arkadowych wnęk. Wnętrze nawy i prezbiterium nakrywają sklepienia kolebkowe z lunetami, wsparte na parach gurtów. W marmurowej posadzce kościoła znajduje się wejście do krypty.
Piętrowe budynki klasztorne otaczają z trzech stron kwadratowy wirydarz – czwarte, północne skrzydło stanowi kościół. Skrzydła wschodnie i zachodnie przedłużone są poza skrzydło południowe. Wielokrotne przebudowy sprawiły, że klasztorne obiekty są całkowicie pozbawione cech stylowych. Nakrywają je (podobnie jak kościół) dwuspadowe dachy. Wnętrza klasztoru przekształcane były kilkakrotnie w XIX i XX stuleciu – można o nich powiedzieć tylko tyle, że węższy trakt korytarzowy znajduje się od strony wirydarza, a poszczególne pomieszczenia – od strony zewnętrznej.
W roku 1864 nastąpiła kasata klasztoru. „Dawny refektarz klasztorny został zamieniony przez Rząd na cerkiew, zaś zabudowania klasztorne przerobiono na mieszkanie naczelnika straży itp. Ogród w połowie należy do rektora kościoła, w połowie zabrany przez Rząd dla straży pogranicznej” – relacjonował kilka lat przed I wojną światową ksiądz Wiśniewski.