Oprócz budynków otaczających czworoboczny wirydarz, klasztorne zabudowania składały się także z innych obiektów. Franciszkański klasztor otoczony był murem. Na jego teren prowadziło kilka furtek, a główny wjazd prowadził poprzez piętrowy budynek bramny usytuowany w zachodnim murze. Budynek, jak również zachodni odcinek muru ufundowany został przez Stanisława Branickiego i jako datę budowy przyjmuje się rok 1620. Mimo że stojąc na granicy miasta był w jakimś sensie murem miejskim, klasztorny mur był niższy niż obecnie; – podwyższono go (i otynkowano), – aby utrudnić ewentualną ucieczkę – w okresie, gdy po kasacie klasztoru poklasztorne obiekty pełniły funkcję więzienia.
Do północnego muru przylega piętrowy obiekt nazywany Domem Gwardiana. Osobny budynek dla gwardiana i spowiednika klasztornego wymagany był po reformie zakonu z roku 1517. Gwardian i spowiednik zajmowali parter budynku; piętro przeznaczone było dla wizytatorów klasztoru, bowiem zgodnie z przepisami ustalonymi podczas Soboru Trydenckiego, co trzy lata miały odbywać się wizytacje klasztoru, trwające co najmniej parę tygodni.
Dom Gwardiana, dzięki hojności rodzin Straszów i Tęgoborskich, zbudowali gwardiani: O. Wojciech Dębołęki i O. Bonawentura Strzelbicki. Lata ukończenia dwóch etapów budowy to rok 1637 (część zachodnia) i 1668 (część wschodnia) – daty wyryte są na belkach stropowych.
Obok Domu Gwardian zlokalizowane były budynki gospodarcze, stajnia i obora, wozownia. Zapewne były drewniane, a na pewno pokryte gontem. W roku 1668 gwardian O. Baltazar Klimowicz wybudował murowaną infirmerię, z łazienką i piecem, który służył do ogrzewania obu pomieszczeń.
Północno zachodni narożnik klasztornego terenu zajmował cmentarz, na którym jednak nie grzebano zakonników, lecz ówczesnych VIP-ów. Ta część klasztornego terenu była dostępna dla mieszkańców miasta, przychodzących wziąć udział w nabożeństwach odprawianych w kościele. Tuż za murem stała studnia, z kamiennym ocembrowaniem, na którym – na każdym rogu – stał odlany z żeliwa smok.
U schyłku XVII stulecia, w roku 1693, klasztor był wizytowany przez ówczesnego generała zakonu (siedemdziesiątego piątego z kolei) O. Józefa Marię Bottariego. W tamtym czasie w granicach Rzeczypospolitej były 3 prowincje (polska, ruska i litewska) i wszystkie zostały przez generała odwiedzone. Przewodniczył on także obradom kapituł prowincjonalnych, a obrady kapituły polskiej odbyły się właśnie w Chęcinach. W roku 1720 ówczesny gwardian O. Bonawentura Wykrotowicz wybudował nową kuchnię (od fundamentów), „odnowił krużganki, wybielił refektarz, a kaplice św. Leonarda ozdobił ołtarzami i drewnianymi rzeźbami”. W rym samym czasie ufundowano i wmurowano tablicę upamiętniającą męczeńska śmierć trzech zakonników.
W dniu 11 listopada 1817 roku car Aleksander I podpisał dekret o kasacie franciszkańskiego zgromadzenia. Usunięto ołtarze, zdemontowano krzyże, a w odebranych zakonnikom budynkach zorganizowano zakład obróbki marmuru. Taki stan utrzymywał się przez lat 13.
