W roku 1581 kościół przejęli protestanci: …haeretici tentabant omnino in Ecclesia nostra conventuali exercitia suae sectae peragere… pisał w dziale zatytułowanym Thesaurus Provinciae Poloniae O. B. Makowski. Jego zdaniem franciszkanie odzyskali kościół w roku 1605, choć są też inne datowania: 1603 i 1598 rok. Z nich najbardziej prawdopodobna wydaje się być data 1598 r. Innowiercy użytkowali tylko kościół, nie interesowali się klasztorem – podczas „reformacyjnego epizodu” w klasztorze wciąż przebywało wraz z gwardianem dwóch zakonników.
Remont i przebudowa kościoła – tak na dobre – zaczęły się chyba w roku 1605, choć jakieś prace prowadzone były wcześniej. Stan kościoła z roku 1598 mamy opisany przez O. Karwackiego, prowincjała, który w roku 1923 dokonał kwerendy we franciszkańskich archiwach i w oparciu o zachowane dokumenty, sporządził dokładny „inwentarz”.
…Kościół pod wezwaniem („titulus”) św. Franciszka. Kościół cały murowany, bez sklepień, podłogi niedobre, gontem pokryta drewniana sygnaturka, z dzwonem. Z boku lewego krużganki całe drewniane. W krużgankach kaplica św. Leonarda, przy której jest reguła. Sacrarium murowane, ze sklepieniami ciemne. Ołtarzy w kościele 6, kilka naprawianych. Siódmy w kaplicy św. Leonarda, staroświecki…
Świątynię odnowiono, a klasztor rozbudowano, dzięki funduszom Stanisława Branickiego, starosty chęcińskiego. Według wizytacji z roku 1612 (dokonał jej prowincjał O. Adam Goski) prezbiterium miało już nowe sklepienie – ale nawa nie została jeszcze odbudowana. Istnieją kontrowersje dotyczące ewentualnego obniżenia nawy kościoła, czego dowodem miałyby być widoczne na strychu polichromie. Jeżeli jednak kościół pierwotnie nakryty był płaskim stropem, to polichromie „zjawiłyby się” w przestrzeni strychowej nie wskutek obniżania murów, a tylko skutkiem oparcia sklepień poniżej ich korony, aby „zmieściły się” pod dachem. Dopiero w kolejnej wizytacji z lat 1618-20 O. A. Cerviniego, komisarza generalnego Prowincji, wynika, że wszystko już zostało odbudowane. W kwietniu 1622 chęciński konwent wizytował O. Jakub Montanari, 65. generał zakonu. Konsekracja kościoła, koronująca zakończenie odbudowy, nastąpiła 8 maja roku 1628, dokonał jej biskup chełmski, Remigiusz Koniecpolski, poświęcając również pięć ołtarzy.
Likwidacja kościoła, – kiedy klasztor uległ kasacie a jego budynki zamieniono na więzienie, spowodowała kompletne rozproszenie całego wyposażenia wnętrza świątyni. Nic się wprawdzie nie zmarnowało – bo nie miało prawa, ale ołtarze, stalle, ławy, konfesjonały i inne drobniejsze elementy znalazły się w innych kościołach i ich powrót do franciszkańskiej świątyni, – kiedy przywrócono ją zakonnikom – był już absolutnie niemożliwy. Po niechlubnym okresie, kiedy w kościele funkcjonował lokal gastronomiczny przeprowadzono prace remontowe i po 6 latach ich trwania, w dniu 3 sierpnia 1997, znów można było odprawić w kościele mszę. Wyposażenie wnętrza kościoła jest ascetycznie surowe. Elementy wyposażenia ograniczono do minimum, kierując się wyłącznie potrzebami liturgicznymi i funkcjonalnymi. Stąd też szczególne wrażenie sprawia ogromny krucyfiks wiszący na wschodniej ścianie prezbiterium, dominujący nad całością kościelnego wnętrza.