Oficjalną datą otwarcia klasztoru chęcińskich klarysek był dzień 4 października 1644. kiedy to „wprowadzono za klauzurę” przybyłe z Gniezna cztery zakonnice: Eufrozynę Leśniewską, Ludwikę Żukowską, Hebronię Maniecką i Wiktorynę Prądzyńską. Następnego dnia „przyjęły welon i złożyły profesję” miejscowe panny: Klara Gręboszowska, Elżbieta Grabowska oraz Agnieszka i Salomea Mirowskie. Ksienią wybrana została Eufrozyna Leśniewska. Uroczystą Mszę Świętą celebrował Mikołaj Świrski (już jako sufragan-nominat) a uczestniczyli w niej: prowincjał franciszkanów oraz ksieni klasztoru gnieźnieńskiego.
Zakonnice obowiązane były do przestrzegania „konstytucji” opartych na uchwałach trydenckiego soboru i kapituły florenckiej. Zasady klauzury zabraniały zakonnicy podejścia do kraty samej, bez towarzyszek. Habit można było przywdziać w wieku lat 12, zaś profesję składać w 16 roku do życia. Do momentu złożenia „profesji” klasztor pobierał opłatę od nowicjuszki za ubiór i wyżywienie, a prywatnego majątku jej nie wolno było naruszyć. „Obłóczyny” odbywały się uroczyście – w niedzielę lub święto, uczestniczyli rodzice i krewni, a o wygłoszenie przemówienia proszono jakiegoś dygnitarza. Ubranej w bogaty strój świecki neofitce ścinano włosy i ubierano ją w szary, zakonny habit. Zakonnicom nie wolno było posiadać żadnego majątku prywatnego – całość stanowiła własność konwentu. Siostry zakonne miały „obowiązek wspólnego chóru i stołu”. Musiały żyć „w skromności, ciszy, uczciwości i przykładności”. Do spowiedzi zobowiązane były przystępować nie rzadziej niż raz w miesiącu, a spowiednik musiał zmieniać się co dwa lata.
Każdy dzień siostry klaryski musiał zawierać cztery elementy: pierwsza jest odprawowanie służby Bożey, wtóra pracy zakonney, trzecia zażywanie pokarmu, czwarta odpoczywania.. z tym jednak zastrzeżeniem, że …od tych czterech zabaw cokolwiek ci czasu zbędzie, pamiętay go trawić w zawarciu osobnym, zabawiając duszę twoję abo czytaniem rzeczy duchownych, abo modlitwą…
Wschodnia elewacja kościoła Marii Magdaleny, z racji dostawienia do niej budynku klasztoru, jest mało widoczna – ponad dachem klasztoru wznosi się tylko jej trójkątny szczyt. Wschodni szczyt, analogicznie jak zachodni szczyt kościoła, zdobią wnęki zamknięte od góry łukiem. Różnica miedzy zachodnią elewacją i jej wschodnią odpowiedniczką polega na ilości wnęk: od zachodu jest ich cztery, zaś od wschodu cztery w rzędzie dolnym i piąta pod samym wierzchołkiem.
Południową elewację kościoła i klasztoru podziwiać można tylko z pewnej odległości – z bliska jest to niemożliwe, gdyż teren na południe od tych obiektów objęty jest klauzurą. Podobnie rzecz ma się z dzwonnicą, przybudowana do południowej elewacji kościoła. Jest ona zbyt niska by zobaczyć ją z ulicy Małogoskiej. Inaczej było w czasach Józefa Szermentowskiego. Na jego obrazie dzwonnica jest znacznie wyższa niż obecnie, gdyż wieńczy ją piękny barokowy hełm, bardzo podobny do hełmu dzwonnicy klasztornego kościoła na kieleckiej Karczówce.