Prezbiterium to najstarsza, szesnastowieczna część kościoła św. Marii Magdaleny. Otwarte do nawy otworem tęczowym, zakończone jest półkolistą absydą i nakrywa je sklepienie. Niemal całą powierzchnię prezbiterium wypełnia barokowy ołtarz z lat 70. XVII stulecia. Katalog Zabytków określa go jako: drewniany, przyścienny, architektoniczny, barokowy, z nastawą malowany w kolorze kremowym, częściowo złocony. Część główna jest murowana z mensą wykonaną z czerwonego piaskowca.
Nastawa ołtarza rozszerzona jest po bokach o arkadowo-filarowe bramki, nad którymi umieszczone są rzeźby św. Floriana i Wacława, na postumentach, datowane na XVIII stulecie. Boki nastawy flankowane są parami spiralnych kolumn, z kompozytowymi głowicami pokrytych złotem, , nad którymi wykonane jest pełne belkowanie, przerwane w środkowej części ołtarza.
W centralnej części ołtarza umieszczony jest obraz patronki kościoła, św. Marii Magdaleny, datowany na koniec XVIII wieku. Postać świętej, ukazana została niemal frontalnie, na tle ciemnobrązowego krajobrazu i jaśniejszego nieco, zachmurzonego nieba. Na tle chmur namalowano dwa anioły a nad nimi umieszczony jest hebrajski napis. Sylwetka świętej Marii Magdaleny oparta jest o skały, korpus ma lekko odchylony do tyłu, głowę pochyloną nad lewym ramieniem. Lewa jej ręka skierowana jest ku krucyfiksowi, zaś prawa wskazuje otwartą księgę. Na kartach księgi widnieje napis: Adiunare me digneris misericordissime Domine Iesu Christe immesnse fons amoris er ut peccare mea, benigne remietas directionem tuam mihi digneris infundere sempiternam. Amen.
W zwieńczeniu ołtarza umieszczony jest obraz Chrystusa Pantokratora. Obraz ten ma eliptyczny wykrój. Chrystus, z głową w owalu żółtej aureoli, ukazany jest do pasa, prawie frontalnie – na cynobrowym tle z odcieniami oranżu. Ubrany jest w ciemnofioletową, nieznacznie pofałdowaną suknię, na której ma czerwoną – ale od tła ciemniejszą – gładka pelerynę, ozdobioną galonem. Chrystus ma uniesioną prawą dłoń w geście błogosławieństwa, zaś w lewej dłoni trzyma glob zwieńczony równoramienną, gwiaździstą glorią. Na globie namalowana jest scena stygmatyzacji św. Franciszka: święty, z rozchylonymi rękami, klęczy przed zawieszonym w powietrzu krucyfiksem.
W „starej” nawie kościoła ustawione są jeszcze trzy ołtarze boczne. Przy ścianie północnej, bliżej prezbiterium znajduje się ołtarz św. Franciszka. Przy tej samej ścianie lecz bliżej chóru zakonnego – ołtarz św. Antoniego. Na ścianie południowej ołtarz jest tylko jeden, poświęcony Matce Bożej z Dzieciątkiem, gdyż w zachodniej części dawnej nawy, przy ścianie, ustawiona jest ambona. Wszystkie te ołtarze pochodzą z tego samego okresu.
Ołtarz św. Franciszka, drewniany, architektoniczny, nastawę malowaną ma na kolor kremowy i datowany jest na lata 1670-80. Mensa wykonana jest z brązowego marmuru chęcińskiego. W ołtarzu tym, w jego centralnej części, pomiędzy parami spiralnych kolumn z kompozytowymi kapitelami, umieszczony jest obraz ukazujący stojącą frontalnie postać świętego na ciemnopopielatym tle, ubranego w brunatny, pofałdowany habit, z kapturem na głowie.