A utor: Roman Mirowski
Na początku XVII stulecia także prezbiterium otrzymało nowe sklepienia kolebkowo-krzyżowe, zastępujące wcześniejszą, gotycką konstrukcję. Prezbiterium ma dwa przęsła i zakończone jest wielobocznie. Umieszczony w nim główny ołtarz jest wczesnobarokowy, a jego centralną część zajmuje obraz przedstawiający świętego Bartłomieja, patrona świątyni. Za obrazem patrona kościoła umieszczony był obraz św. Anny, zaś w zwieńczeniu ołtarza znajduje się obraz przedstawiający zapewne św. Jadwigę, współpatronkę chęcińskiego kościoła (ostatni raz wymienianą w tym charakterze w 1. połowie XIX wieku). Obrazom towarzyszą bramki, figury świętych, posągi proroków i na najwyższej kondygnacji – aniołów; niektóre z nich dodane na początku XVIII stulecia. Ołtarz wykonany został przed rokiem 1614, zapewne przez miejscowego snycerza. Pierwotnie – tak wynika z zachowanego inwentarza – pomalowany był na czerwono. Stalle, stojące po obu stronach prezbiterium, współczesne są ołtarzowi, ale wykonano je dla kościoła franciszkanów i pierwotnie służyły tam zakonnikom w chórze większym. Przeniesione zostały około roku 12820 przez księdza Tarczyńskiego, kiedy pofranciszkańskie mienie znalazło na aukcji.
W nawie i kaplicach znajduje się 7 ołtarzy, ale ich obecna ilość i rozmieszczenie jest inne niż na zachowanym planiku z roku 1848 z Dyrekcji Ubezpieczeń. W owym czasie ambona, stojąca dzisiaj przy ścianie tęczowej pomiędzy prezbiterium a kaplicą Fodygów, zlokalizowana była pierwszym filarze pomiędzy nawą główną i północną. Inwentarz informował o ambonie: drewniana, snycerskiej roboty, malowana z wyskokami pozłacanemi. Wchodzi się na nią po wschodach drewnianych, na szczycie umieszczona statua Rego Floriana…
Było więc miejsce na ustawienie ołtarzy przy ścianie tęczowej, i tak: od strony północnej stał tu ołtarz św. Jana Nepomucena zaś od południa ołtarz Niepokalanego Poczęcia NMP, będący ołtarzem Bractwa Literackiego. Dziewiętnastowieczny inwentarz tak opisywał ołtarz św. Jana z Nepomuka: ma dwa filarki i kształt niejako krzyża, drewnianej, snycerskiej roboty, malowany różnemi kolorami, miejscami wyzłacany. W tym ołtarzu jest obraz Śtego Jana Nepomucena niedawno malowany – nad nim jest mniejszy stary obrazek Śtego Jana Kantego, a na szczycie statua drewniana Śtego Rocha. Mensa murowana, antepedium papierowe…
Przy pierwszym filarze miedzy nawą główną a północną (po jego zachodniej stronie) stał ołtarz św. Barbary, zaś przy pierwszym filarze pomiędzy nawą główną a południową – ołtarz św. Antoniego. W kaplicy św. Mikołaja stał ołtarz św. Mikołaja a w kaplicy Fodygów – ten sam ołtarz co obecnie. Dzisiaj ołtarze odsunięte są od filarów i umieszczone przy ścianach kościoła. W nawie północnej, przy zamykającej ją ścianie wschodniej, stoi ołtarz Niepokalanego Poczęcia NMP, a przy północnej ścianie nawy: ołtarze św. Mikołaja oraz św. Jana Nepomucena. W nawie południowej, przy południowej ścianie kościoła, umieszczone są ołtarze św. Antoniego i św. Barbary. W kaplicy św. Mikołaja znajduje się ołtarz Najświętszego Serca Jezusa, a umieszczony w nim obraz pochodzi być może z kaplicy św. Leonarda z klasztoru franciszkanów.
Przy zachodniej ścianie kościoła stoją stalle, także z kościoła franciszkanów, ale te pochodzą z chóru mniejszego. Ławki stojące przy wejściu głównym do kościoła stały wcześniej w kaplicy Fodygów.
