A utor: Roman Mirowski
Sześć lat po przejęciu kościoła przez społeczność katolicką, w roku 1603, dokonano konsekracji. Sześcioletni okres wykorzystany został najpewniej na odbudowę kościoła, połączoną ze znaczącą przebudową i rozbudową. Dwukrotne niemal powiększenie powierzchni świątyni wynikało ze wzrostu liczby mieszkańców miasta, ale także z ożywienia życia religijnego katolickiej społeczności, które nastąpiło po wygaśnięciu zainteresowań reformacją. Wydaje się, że obecny kształt chęciński kościół uzyskał właśnie wtedy, a autorem i wykonawcą projektu przebudowy był Kacper Fodyga.
Fodyga przybył do Polski kilka lat przed rozpoczęciem prac przy kościele św. Bartłomieja. Był z pochodzenia Komaskiem, czyli mieszkańcem terenów położonych w pobliżu jeziora Como, kantonu wchodzącego dziś w skład Federacji Szwajcarskiej, ale tuż przy granicy z Italią. Kultura Komasków wykazuje pewne własne, specyficzne cechy, ale najsilniej związana jest z kulturą włoską. Być może dlatego chęciński kościół parafialny tak różni się od innych polskich świątyń, że stanowi w jakimś sensie próbę przeniesienia na polski grunt tradycji sakralnego budownictwa znad jeziora Como. Autor projektu i wykonawca robót, po paruletnim pobycie w Polsce miał już sporą wiedzę o polskiej architekturze, ale nie zdążył jeszcze zapomnieć kościołów w których modlił się w dziecięcych i młodzieńczych latach. A był człowiekiem pobożnym, mocno związanym z kościołem katolickim, co zresztą stało się przyczyną jego emigracji z mocno zaangażowanego w kalwinizm Mesocco.
Kacper Fodyga wybudował korpus kościoła właściwie od nowa. Korpus nawowy, który dotąd był niewiele szerszy od prezbiterium, świątyni został znacząco powiększony poprzez dostawienie naw bocznych. Nadano im tę samą wysokość, co nawa środkowa, tworząc tak zwany układ halowy, zapewniający większą „przestrzenność” wnętrza, niemożliwą do uzyskania przy zastosowaniu tradycyjnego, bazylikowego układu. Mury nawy stały się niższe, przez co utracił on strzeliste, gotyckie proporcję, ale gdyby zachowano dotychczasową wysokość murów, poszerzony kościół stałby się nieproporcjonalnie potężny w stosunku do położonego niżej miasta.
Wydaje się, że przebudowa objęła także zakrystię, a użycie w niej gotyckiego detalu może być wtórnym wykorzystaniem materiału z wcześniejszej fazy budowy. Nie wiemy też, czy zachodnia kruchta, która przetrwała do początków XIX stulecia, zbudowana została przez Kacpra. Na pewno za to z jego czasów pochodzą dwie kaplice: Trzech Króli i św. Mikołaja, o których informacje znajdują się na następnych stronach. Niezwykle interesująco rozwiązana jest więźba dachowa kościoła. Najprawdopodobniej jest ona także autorstwa Kacpra Fodygi, choć nie udało nam się jeszcze tego potwierdzić przy pomocy badań dendrochronologicznych, pozwalających na ustalenie (z dokładnością 1 roku) czasu ścięcia drzew użytych w konstrukcji. O tym, że więźbę zaprojektował i wykonał Fodyga świadczyć może jej absolutna odmienność w stosunku do jakichkolwiek więźb naszego regionu – nie ma tu bowiem tak zwanych storczyków, występujących u nas od XIV do XVIII stulecia – a także to, że w żadnym z zachowanych późniejszych dokumentów nie ma nawet śladu informacji o poważniejszych robotach ciesielskich przy dachu kościoła.
