W roku 1617 „kościół i plebania zgorzały” – zapisał ówczesny proboszcz, ksiądz Szymon Koczowski. Nie odbudowano go, ale na tym samym miejscu wzniesiono obiekt drewniany, który według inwentarza z czasów gdy proboszczem był tu ks. Jakub Eilasz Gogulski (1790-1818): „przedstawiał typ wiejskiego drewnianego kościoła z wieżyczką na dachu; główne drzwi zwrócone były na zachód, boczne od południa, okien 5, zakrystia za ołtarzem – murowana. Posadzka kamienna” – informuje ksiądz Jan Wiśniewski. Był też wówczas w Drugni szpital dla ubogich.
O tym, że zbudowany po roku 1617 kościół był drewniany, informuje też Katalog Zabytków. Z kolei Mariola Gołda, opierając się na aktach parafii Drugnia, napisała, że: „wzniesiony po tym pożarze kościół był murowany”. Najprawdopodobniej istniały wówczas w Drugni dwa kościoły. Być może wynika to z „epizodu reformacyjnego”, zapoczątkowanego przez dzierżawiącego Drugnię starostę Stanisława Dembińskim (który był kalwinem) pod koniec wieku XVI.
Kwestia istnienia jednocześnie dwóch świątyń warta jest przeprowadzenia badań – zarówno dodatkowych kwerend archiwalnych, jak również rozpoznania archeologicznego, bowiem istnieje w Drugni tradycyjny przekaz określający – rzekomą albo prawdziwą – lokalizacje tego obiektu. Badania archeologiczne potwierdzą – bądź wykluczą domniemaną lokalizację. Być może uda się też uzyskać pewność, który z kościołów – drewniany czy murowany – stał w tym miejscu gdzie obecna świątynia. Piętnastowieczny, ciosowy – tak zwany „Długoszowski – portal z prezbiterium do zakrystii, który znajduje się w obecnym kościele niczego bowiem nie dowodzi. Może pochodzić z kościoła murowanego, może z drewnianego (który miał murowana zakrystię) a może wreszcie być „wtórnie użyty”, czyli przeniesiony i wmurowany w czasach późniejszych.