Wnętrze kościoła parafialnego z widokiem w kierunku głównego ołtarza
Wnętrza kościoła – jak jego architektura – są także klasycystyczne. Ściany nawy rozczłonkowano parzystymi pilastrami, w prezbiterium znajduje się belkowanie, nadwieszone na konsolach. Wnętrza nakrywają kolebkowe sklepienia wzmacniane parzystymi górtami. Otwór tęczowy jest półkolisty. W części wschodniej nawy chór muzyczny, podparty dwoma kamiennymi kolumnami, z drewnianym parapetem o formach wzorowanych na baroku. Dachy kościoła są dwuspadowe; obecnie pokryte są blachą, ale pierwotnie pobite były gontem.
W ołtarzu głównym, wykonanym w roku 1892 przez Pawła Turbasa, umieszczony jest obraz przedstawiający św. Małgorzatę, namalowany na początku wieku XIX. Starsze są tylko ołtarze boczne w nawie, przeniesione tu ze poprzedniego kościoła: pochodzący z początków XVII stulecia, wczesnobarokowy z współczesnymi mu obrazami Ukrzyżowania, św. Jana Ewangelisty i Marii Magdaleny oraz drugi, barokowy z końca wieku XVII, z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Tak opisywał pierzchnickie ołtarze ks. Wiśniewski: „Po stronie Ewangelii ołtarz Matki Boskiej wykonany przez rzeźbiarza Nicponia z Kielc. Główny obraz NMP z Panem Jezusem kopia z Murilla, na zasuwie św. Stanisław Kostka, obrazy malował Nowakowski, Ten sam malował kościół w 1916 r. Nieco dalej przy ścianie ołtarz P. J. Na krzyżu, pochodzi ze starego kościoła. Trzeci obraz św. Izydora. Ołtarze po stronie Epistoły św. Anny (wypukłorzeźba) i ołtarz wyk. Rzeźbiarz Rychlewski z Kielc, a na zasuwie św. Józef mal. Nowakowski z Kielc w908 r. Ambonę rzeźbił Książyński z Kielc.
Z tekstu księdza Jana wynikają dwie ważne informacje: pierwsza, że wnętrze pierzchnickie-go kościoła przez niemal sto lat wyglądało inaczej niż dzisiaj i druga – że miasto Kielce dysponowało przynajmniej kilkoma zdolnymi rzeźbiarzami i malarzami, zajmującymi się sztuką sakralną. O wyposażeniu kościoła w pierwszej połowie XIX wieku obszernie pisze Mariola Gołda w książce „Parafie gminy Pierzchnica w latach 1800-1939”, ograniczę się więc jedynie do in-formacji, że ołtarzy było wówczas cztery, w tym oczywiście siedemnastowieczny, przeniesiony ze starego kościoła.
