Prezbiterium i nawa kościoła powstały najwcześniej – wybudowano je w roku 1538, murując z cegły, o którą na Kujawach było równie łatwo, jak o kamień w Świętokrzyskiem. W roku 1565 dobudowana została północna kaplica, wówczas pod wezwaniem 11 Tysięcy Dziewic, ufundowana przez Wojciecha Kattenberga Kokoszkę, zaprojektowana przez mieszkającego w Płocku Jana Baptystę Wenecjanina. Piętnaście lat później, w roku 1580 dobudowaną od zachodu wieżę, o narożnikach wzmocnionych szkarpami, później wzbogacona o barokowy hełm. Kolejne etapy budowy to dobudowa w roku 1622 półkolistej absydy do zakończonego prostą ścianą prezbiterium i w kilka lat później, w roku 1635 dobudowa do południowej ściany prezbiterium kwadratowej kaplicy pod wezwaniem Anioła Stróża (później Matki Boskiej Szkaplerznej). Dwuspadowy dach kaplicy zamknięty jest od południa szczytem – tu opracowanym przy pomocy wczesnobarokowego detalu. Dodać należy, że wiek XIX wzbogacił kościół jeszcze o południową kruchtę, choć wzbogacenie to ma wyłącznie utylitarny (pozaestetyczny) charakter (podobnie zresztą jak kruchta w Łagowie).
Analogii z łagowskim kościołem jest tu wiele, choć są także – co oczywiste różnice. Nikomu nie chodziło o pełne naśladownictwo obu świątyń. Różny jest ceglany materiał, brak jest starszego, gotyckiego prezbiterium, nieco inne są wielkości kaplic. Ale różnice te wynikają głównie z warunków miejscowych (w Łagowie prezbiterium już po prostu stało – zaś wożenie tam cegły, skoro na miejscu był kamień, nie miałoby większego sensu). Różne proporcje prezbiterium i nawy tez łatwo wytłumaczyć – dostosowaniem szerokości łagowskiej nawy do wymiarów prezbiterium. Ale podobieństwo obu kościołów wciąż jest uderzające – a sprzyjał temu wspólny decydent i fundator: włocławski biskup.
To, że włocławski kościół budowany był etapami, które mają konkretne daty, potwierdzone jest dokumentami. Tego, że łagowski kościół nie powstał (poza prezbiterium oczywiście) w jednym etapie – możemy się tylko domyślać. Póki co – nie rozporządzamy dokumentami dotyczącymi kościoła w Łagowie (choć można mieć nadzieję że są one w diecezjalnym archiwum we Włocławku i uda się je odnaleźć), dokumentującymi budowę i ewentualne jej etapy. Nie rozporządzamy też – i przeprowadzenie ich nie byłoby łatwe, uwzględniając dobry obecnie stan kościoła (można je wykonać tylko przy okazji remontu) a także istotne zniszczenia, jakich doznał podczas ostatniej wojny. Można jednak – szczegółowo analizując poszczególne elementy konstrukcji kościoła wskazać miejsca, które mogłyby stanowić dowód na etapowość powstawania kościoła. Można też – jak sądzę – pokusić się o hipotezę, że nie koniecznie wszystko we włocławskim kościele było wzorem dla łagowskiego. Mogło tez być i odwrotnie, że pewne elementy z Łagowa przeszczepiono do Włocławka. Zastrzegam jednak, że są to tylko hipotezy, ale przecież mamy prawo je stawiać.
Za nim przejdę do argumentów, pewne zastrzeżenie. Przez etapowość nie chcę tu rozumieć wyłącznie kwestii różnic w czasie realizacji, ale przede wszystkim zmiany co do zakładanych rozwiązań architektonicznych. Bo może być tak, ze budowę na jakiś czas przerwano (na przykład z braku funduszy) a potem kontynuowano nie wprowadzając zmian. Ale może być też – że na skutek zmiany biskupa – nie przerywając budowy, zmieniano projekt, wprowadzając nowe Rozwiązania. Argumenty za etapowaniem realizacji (czy też może występowaniem poszczególnych faz budowy) kościoła widzę następujące: 1. Umieszczenie przypór na narożnikach zachodniej ściany nawy może świadczyć o tym, że gdy je wykonywano wieży jeszcze nie było. 2. Trzy przęsła nawy mają nie jednakowe wymiary – przęsło zachodnie jest węższe. Można z tego wnioskować, że trzecie przęsło albo dodano później, albo decyzja o jego dodaniu zapadła już w trakcie budowy. 3. Wielkość i kształt arkady łączącej nawę z kaplica północną odbiega zdecydowanie od pozostałych trzech, co może świadczyć, że albo wykonano ją później, przebijając w ścianie już istniejącej, ostrołukową formę nadając przez analogię do otworu tęczowego – albo też wykonano ten stosunkowo duży otwór od razu, zakładając budowę kaplicy północnej podczas budowy nawy. Możnaby z tego wysnuć wniosek o różnym czasie wykonywania nawy i kaplic. Alternatywnie: jednocześnie nawa, kaplica południowa z kruchtą – a później północna albo też jednoczesne z nawą wykonanie kaplicy północnej – a późniejsza dobudowa kruchty z kaplicą południową.
Bez poparcia powyższych hipotez wynikających z wątpliwości – przy pomocy dokumentów i badań, nie sposób jest ustalić ani dokładnej chronologii budowy łągowskiej świątyni, ani też źródła analogii miedzy obydwoma kościołami – łagowskim i włocławskim. Nie można bowiem wykluczyć, że w początkowej fazie kościół łagowski wzorowany był na włocławskim, a potem, szczególnie gdy dotyczy to przybudowanej w kościele Jana Chrzciciela południowej kaplicy – inspiracji do jej powstania (zbudowano ją w roku 1635) może należy szukać właśnie w Łagowie.
Opierając się więc na aktualnym stanie wiedzy o kościele i towarzyszących mu wątpliwościach – przyjmijmy zgodnie, że nawa, kaplice i wieża powstały w wieku XVI, nie określając stanowczo dat ani faz ich powstawania. Zanotujmy to, co pewne. Ściany wymurowane są z kamienia; wnętrza nawy i kaplic nakrywają (naprawdę wyjątkowej urody!) sklepienia gwiaździste, nad zakrystią zwierciadlane a nad północną przybudówką, stanowiącą przedłużenie kaplicy – kolebkowe. W wieku XIX dodano od południa przybudówkę mieszcząca kruchtę. W roku 1927 podwyższono wieżę. Tak ukształtowała się bryła kościoła, którą możemy – dzięki odbudowie ze zniszczeń po ostatniej wojnie – podziwiać dzisiaj.