Prezbiterium jest murowane. Materiał stanowią duże, wapienne ciosy, a jednorodny sposób ich ułożenia sugeruje, ze całość wykonano od razu. Ma ono zewnętrzną szerokość ok. 8 m przy długości około 10 m. Jego zachodnia ściana, od wnętrza zamknięta jest trójbocznie, ale o wyjątkowo ostrych kątach podstawy trapezu tegoż zamknięcia. Co więcej: od zewnątrz nadano ścianie wypukłość, tak, jakby wznoszący ją majstrowie nie byli zdecydowani, czy nie zakończyć jej półkoliście, na wzór absydy. Te nieregularności wzbudziły podejrzenie, że być może w murach prezbiterium kryją się relikty wcześniejszej budowli, ale weryfikacja archeologiczna zakończyła się wnioskiem, że są to jedynie „niedoskonałości miejscowego warsztatu” prowadzącego budowę.
Prezbiterium ma dwa przęsła, nakryte sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Oświetlają je dwa pół-koliście zamknięte okna, między którymi umieszczona jest szkarpa. Oszkarpowane są też naroża wschodniej ściany prezbiterium. Brak szkarpy od strony północnej może stanowić przesłankę do hipotezy, że zakrystia powstała w tym samym czasie co prezbiterium. Pierwotnie prezbiterium nakryte było dwuspadowym dachem zakończonym wielopołaciowo albo połówką stożka a to mogłoby wytłumaczyć tajemniczą „niedoskonałość warsztatową” zakończenia ściany. Może wcale ten miejscowy „warsztat” nie był tak nieprofesjonalny, jak sugerują archeolodzy? W każdym razie wschodniej ściany nie kończył wówczas trójkątny szczyt, a gdy zdecydowano się wykonać (pewnie chodziło o próbę „optycznego” podwyższenia go, aby bardziej pasowało do potężniejszej skali korpusu kościoła, po jego rozbudowie w wieku XVI. Owa krzywizna przysparza kłopot nie tylko badaczom – konkretnym kłopotem stało się jej zabezpieczenie przed opadami atmosferycznymi, co uzyskano poprzez specjalny daszek – pierwotnie o pokryciu gontowym a obecnie blaszanym. Trzeba jeszcze dodać, że wschodniej ściany dobudowana jest kapliczka, otwarta na zewnątrz.
Prezbiterium otwarte jest do nawy ostrołukiem. Tak też zapewne było już w czasach Długosza, który w roku 1470 opisywał kościół. Być może tęczowa ściana drewnianej nawy spięta była belką tęczową, na której być może ustawiono Grupę Ukrzyżowania.