Z reformackiego kościoła pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, ufundowanego przez Krzysztofa Ossolińskiego i jego małżonkę Zofię, po roku 1944 zachował się tylko fragment murów kaplicy oraz krypta. Ksiądz Wiśniewski wizytował stopnicki kościół kilkadziesiąt lat wcześniej i pozostawił nam opis świątyni: „…stajemy u furty klasztornej przez którą wchodzimy na cmentarz, dokoła którego biegnie wirydarz ze stacjami Męki Pańskiej. Fronton kościoła zdobią pilastry wśród nich umieszczono owalne okno. Attyka barokowa. Całość wspierają szkarpy”. Prócz opisu księdza Jana zachowało się też sporo fotografii kościoła. Na tej podstawie bez problemu dałoby się go odbudować.
Barokowa, jednonawowa świątynia, która od zachodu zamykała klasztorny wirydarz, wymurowana była z kamienia i cegły. Skierowane ku południowi prezbiterium było od nawy węższe, miało dwa przęsła i zamykała je prosta ściana. Trzyprzęsłową nawę nakrywało sklepienie kolebkowe z lunetami, nad prezbiterium było sklepienie kolebkowo-krzyżowe. Łuk tęczowy był półkolisty, a sklepiony chór muzyczny wspierał się na arkadach. Kościół nie posiadał dzwonnicy. Nad dwuspadowymi dachami górowała wieżyczka na sygnaturkę, umieszczona na środku dachu nad prezbiterium. Główną (północną) fasadę kościół rozczłonkowano toskańskimi pilastrami. W środkowym przęśle umieszczono okrągłe okno a w bocznych płyciny. Szczyt ujęty był w wolutowe spływy. Dekoracja fasady – jak na zalecenia reformackiej reguły – była zbyt bogata. Była za to wyrazistym dowodem hojności fundatora.
Konsekracja kościoła nastąpiła w roku 1648 – objęła także ołtarz główny i dwa ołtarze boczne. Konsekracji nie doczekał niestety fundator – zmarł trzy lata wcześniej, w lutym roku 1645, w drodze na sejm. W roku 1674 wykonany został cmentarz przed kościołem ze stacjami Drogi Krzyżowej, ufundowano dwa dzwony, a we wnętrzu pojawiły się jeszcze dwa ołtarze. W roku 1701 sandomierski wojewoda, Stefan Bidziński, ufundował kaplicę św. Anny, którą dobudowano od strony zachodniej, łącząc z pierwszym przęsłem) kościelnej nawy. Kaplica miała plan ośmioboczny, nakrywała ją kopuła, a bogaty wystrój wnętrza sprawił, że na wniosek władz zakonnych, usunięto z niej ustawione tam nowe ołtarze. Pod kaplicą (wyniesioną nieco nad poziom nawy) znajdowała się krypta przeznaczona na pochówki dobroczyńców klasztoru i kościoła ; jako pierwszy spoczął w niej Stefan Bidziński. W roku 1723 pożar strawił przednią część świątyni (spłonęły trzy ołtarze). Prace remontowe, wykonywane dzięki hojności Adama Lubienieckiego z Balic, trwały do roku 1730.
W opisie kościoła, wydanym we Lwowie, chyba ostatnim jaki napisano, znajdują się informacje o wystroju wnętrza kościoła. Główny ołtarz określano jako skromny, ale pięknie zdobiony rzeźbami, wykonanymi z drewna. Jego część środkową zajmowało Ukrzyżowanie – Chrystus na krzyżu, na tle panoramy Jerozolimy. W dniu 7 listopada 1944 roku Niemcy wysadzili kościół w powietrze. Grube mury świątyni stawiały opór – dopiero trzeci wybuch okazał się skuteczny. Ocalały tylko fragmenty murów kaplicy św. Anny, z arkadowym łukiem, który łączył kaplicę z kościołem. Z wyposażenia wnętrza ocalała głowa Chrystusa z głównego ołtarza. Jest teraz w zakrystii nowego kościoła przyklasztornego, obecnie parafialnego. Uratował się też obraz przedstawiający św. Antoniego. Wisi w nawie, tuż obok prezbiterium, w którym umieszczono kopię posągu Chrystusa z dawnego kościoła.