Stopnica należy do bardzo starych osad, a ważnym ośrodkiem kościelnym była już w XI stuleciu. Biskup krakowski Baldwin /1103 – 9/ tytułował się kanonikiem stopnickim, a jego następca Mateusz /1143 – 66/ stopnickim scholastykiem. Można by z tego wyciągnąć wniosek o istnieniu w Stopnicy kolegiaty, ale historycy Kościoła uważają, że jest to hipoteza dość trudna do udowodnienia. W roku 1211 osada należała do klasztoru w Busku, ale nie-wiele później stać się musiała własnością książęcą, skoro Bolesław Wstydliwy wystawiał w swym dworze w Stopnicy dokumenty.
Parafia stopnicka wymieniona jest po raz pierwszy w spisie świętopietrza w roku 1325. Rok później Władysław Łokietek rekomenduje na stopnickie probostwo kleryka Piotra Szyrzyka, mimo iż ten nie posiadał jeszcze święceń kapłańskich. Szczególnym poparciem cieszyła się Stopnica u Kazimierza Wielkiego. Nadał on miastu w roku 1362 prawo niemieckie /„…eandem Stobny-czam civitatem et antiquam villam Stobnyczam…de iure polonico ad ius theotonicum Srzedense presentibus transferrimus…”/, choć akt w którym owe prawo nadano, zdaniem profesora Kiryka, nie może być utożsamiany z do-kumentem lokacyjnym. Król ufundował w latach 1347 – 52 szpital ubogich, a potem gotycki kościół parafialny.
Ksiądz Jan Wiśniewski pisze: „W 1349 roku Kazimierz Wielki wzniósł w ulubionej przez się Stopnicy kościół murowany z kamienia białego, ciosanego p.w. św. Piotra i Pawła Ap. Temu kościołowi ofiarował głowę św. Marii Magdaleny, w srebrnym relikwiarzu, wspaniały kielich i inne kosztowności”. Kościół położony jest na wyniosłym wzgórzu i otoczony murem. Jego korpus jest dwunawowy, oparty na planie prostokąta. Prezbiterium jest węższe, zamknięte wielobocznie, z dobudowaną od północy zakrystią i basztką mieszczącą schody na strych, wtopioną w mury zakrystii /przy narożniku pomiędzy korpusem i prezbiterium/. Od północy do korpusu przylega renesansowa kruchta a od południa wczesnobarokowa, kwadratowa w planie, kaplica Matki Boskiej Różańcowej i prostokątna w rzucie późnogotycka kaplica św. Anny. Od zachodu dostawiona jest gotycka kruchta i przylegająca do niej wieżyczka, zawierająca schody wiodące na chór muzyczny.
W roku 1945 podczas działań wojennych kościół zniszczony został w osiemdziesięciu procentach. Zachowały się: w korpusie resztki trzonu kamiennego filara i baza drugiego, pozostałości żeber i wsporników sklepień w korpusie i prezbiterium, zaś w kaplicy św. Anny pozostałości żeber. Odbu-dowę świątyni prowadzono według projektu architekta Józefa Jamroza z Krakowa. Prace trwały do roku 1959, ale dziś stopnicki kościół wygląda nie-mal tak, jak opisywał go ksiądz Wiśniewski: „Sklepienia rozpięte na dwóch 9 – kantowych słupach, stojących po środku nawy, przypominają b. kolegiatę wiślicką. Na rozgałęzionych żebrowaniach, niby owoce na gałązkach, lub ciała niebieskie, mieszczą się zworniki czyli klucze. Przoduje im godło Ojczyzny, orzeł piastowski /wojew. krak./, dalej Wieniawa lub herb wojew. kaliskiego, za nim pół lwa i pół orła razem – to województwo sieradzkie… Głowa króla Kazimierza w prezbiterium…”. W głównym ołtarzu zachowało się kamienne, płaskorzeźbione antepedium, pochodzące z czasów gotyckich. W roku 1989 ukończono budowę nowej dzwonnicy. W jej ściany wmurowano elementy kamieniarki z dawnego kościoła, a także tablicę upamiętniającą trzechsetną rocznicę wiedeńskiej odsieczy.