Najstarsza wzmianka o Seceminie pochodzi z roku 1345, ale dotyczy Starego Secemina, osady poprzedzającej powstanie miasta. Daty lokacji Secemina nie znamy – prawdopodobnie prawa miejskie nadał mu Kazimierz Wielki -w każdym razie w roku 1395, gdy Władysław Jagiełło darował miasto i okolicę Piotrowi Szafrańcowi, podkomorzemu krakowskiemu, w dokumencie użyto sformułowania oppidum nostrum Secemin. Jagiełło potwierdził miastu prawo magdeburskie, a Piotrowi Szafrańcowi cło i mostowe. We władaniu Szafrańców Secemin pozostawał przez całe XVI stulecie.
Takie same trudności jak z ustaleniem daty lokacji, występują też przy próbie określenia daty erygowania parafii i budowy pierwszego kościoła. Ksiądz Wiśniewski pisze, że w roku 1326 „osada była parafialną”, ale daty tej nie można potwierdzić źródłami. Być może parafia powstała równocześnie z nadaniem praw miejskich, w każdym razie w 1385 roku występują Jakusz i Mikołaj jako secemińscy kapelani. Na początku XV stulecia secemińska parafię podniesiono do godności prepozytury, uposażając prepozyta i czterech mansjonarzy. Zbudowano też murowany, gotycki kościół /obecne prezbiterium/ – stało się to w roku 1402, a jego fundatorem był Piotr Szafraniec.
W roku 1520 w kościele pod wezwaniem św. Katarzyny i św. Jana Ewangelisty plebanem był Stanisław z Chęcin. Z Liber beneficiorum Łaskiego wynika, że czynna wcześniej szkoła parafialna, teraz stała pusta. W połowie XVI stulecia miasto stało się jednym z ważniejszych centrów arianizmu. Stanisław Szafraniec zamienił w roku 1556 kościół na zbór, a w roku 1558 rozbudował go, do istniejącego prezbiterium dostawiając nawę. W Seceminie odbywały się synody, działała szkoła /filia szkoły rakowskiej/ z bogatą biblioteką. „Kapłani katoliccy – pisze ksiądz Wiśniewski – nabożeństwo przenieśli do drewnianego kościoła św. Krzyża w ulicy Krakowskiej, który potem spalił się”. Po wygaśnięciu rodu Szafrańców miasto przeszło w roku 1608 w ręce Dębińskich herbu Gryf. Ostatni synod odbył się tu w roku 1616, a w 1617 nastąpiła rekatolicyzacja kościoła – konsekracji dokonał Tomasz Oborski, sufragan krakowski. W 1. połowie XVIII wieku przebudowano szczyt zachodniej elewacji kościoła. W 4. ćwierci XIX stulecia kościół odnowiono – założono też pozorne sklepienia, dobudowano neogotycką kruchtę i wzmocniono szkarpy. W roku 1913 podczas remontu skuto barokowe tynki i zmieniono pokrycie dachu na blaszane.
Kościół jest budowlą gotycką. Składa się z wielobocznie zamkniętego prezbiterium, do którego dobudowano szeroką „zborową” nawę – od południa licującą ze ścianą prezbiterium, od północy silnie wysuniętą. Od północy do prezbiterium przylega zakrystia, nad którą znajduje się skarbczyk, przerobiony z dawnego mieszkania ministra. Wnętrza nakryte są pozornymi sklepieniami drewnianymi z XIX stulecia, którymi zastąpiono pierwotny, płaski strop. Zakrystia sklepiona jest kolebką z lunetami. W elewacji północnej zachował się ślad po obszernym portalu, prowadzącym /ku wygodzie Szafrańców/ bezpośrednio w kierunku ich dworu, położonemu od tej strony. Zachodnia fasada kościoła ma barokowy szczyt – dwukondygnacyjny, ujęty spływami, rozczłonkowany podwójnymi pilastrami. Portal wejściowy i okna w dolnych partiach tej elewacji są ostrołukowe. Ciekawostką jest wmurowane we wnętrzu epitafium ministra zboru z 1601 roku, jedyne jakie zachowało się w Polsce w katolickiej świątyni.