Sandomierski kościół św. Michała wchodzi w skład zespołu dawnego klasztoru benedyktynek, którego pierwszymi fundatorkami była marszałkowa Elżbieta Sieniawska a później jej córka Zofia, pierwsza ksieni klasztoru. Kościół zaczęto budować w roku 1686, gdy stały już dwa skrzydła klasztorne, mniej więcej w tym samym czasie gdy wznoszono trzecie, północne skrzydło. Kościół usytuowano na przedłużeniu najstarszego, południowego skrzydła.
Kościół powstał dzięki staraniom i funduszom: ksieni Justyny Skarszewskiej, podskarbiego koronnego Marcina Zamoyskiego i Stanisława Zaremby, sandomierskiego sędziego ziemskiego. Projekt świątyni sporządził „nadworny” architekt Zamoyskiego, z pochodzenia Niemiec, major artylerii Jan Michał Link (zmarły w 1698 r.). Przy budowie zatrudnieni byli: murarz z Zamościa Franciszek Szpakowski, kamieniarze z Kunowa – Jan Marcin Kraus i Jerzy Giertler, murarz Mikołaj Gołębiowski, stolarz Józef Faryniarski.
Architektura kościoła jest barokowa. Jest on budowlą orientowaną, składającą się z prostokątnej, trzyprzęsłowej nawy i węższego od niej, także prostokątnego prezbiterium o dwóch przęsłach. Kościół łączy się funkcjonalnie z klasztorem poprzez kaplicę umieszczona na piętrze południowego skrzydła, z której wejście prowadzi na zakonny chór. Chór, umieszczony na trzech arkadach filarowych o sklepieniu kolebkowo-krzyżowym, zajmuje zachodnie przęsło nawy. Do północnej ściany prezbiterium przylegają dwie zakrystie: starsza, od zachodu, zbudowana jednocześnie z kościołem oraz nowsza, dostawiona od wschodu po roku 1864. Zakrystie połączone są komunikacyjnie z klasztorem za pomocą korytarzyka, przybudowanego do północnej ściany kościelnej nawy.
Wnętrza nawy i prezbiterium nakrywają sklepienia kolebkowo-krzyżowe. We wschodnim przęśle sklepienia nad prezbiterium wykonana jest luneta, umożliwiająca wprowadzenie dodatkowego światła oknem umieszczonym we wschodniej ścianie prezbiterium. Wewnętrzne płaszczyzny ścian dzielone są przez pojedyncze i parzyste jońskie pilastry, podtrzymujące belkowanie i wydatne gzymsy, poprzerywane półkoliście zamkniętymi otworami okiennymi. Od zewnątrz ściany rozczłonkowane są pilastrami (o głowicach toskańskich) niosącymi szerokie i bogato profilowane belkowanie.
Dwuspadowe dachy kościoła ujęte są w eleganckie i ozdobne wolutowe szczyty, być może przekształcone w 3. ćwierci XVIII stulecia. Szczyt prezbiterium wieńczą posągi: św. św. Michała, Benedykta i Scholastyki, odkute w latach 1765-66 przez Kazimierza Wróblewskiego z Janikowa, miejscowości sławnej zarówno ze złóż kamienia jak i z utalentowanych kamieniarzy. Szczyty dachu nad nawą ujęte są pilastrami i zwieńczone trójkątnymi przyczółkami, na których ustawiono kamienne wazony. Wieżyczka na sygnaturkę, górująca dzisiaj nad dachami kościoła, powstała dopiero w roku 1913.
Ksiądz Wiśniewski dokładnie opisuje elementy wnętrza. Najbardziej podobała mu się ambona: „…jest niezmiernie oryginalna. Oto z serca leżącego, wspartego na prawej ręce w zadumie nad książką św. Benedykta, wyrasta drzewo, tworzące podstawę ambony. Na konarach drzewa kielichy kwiatów, z których wychodzą postacie znakomitych benedyktynów. W górze baldachim z pnącą się ornamentacją roślinną, na której godło miłości – pelikan…”.
Ukończony w 1692 – kościół konsekrowany został w 1693 roku. Restaurowany był kilkakrotnie, a gruntownie – po pożarze, w latach 1757-69.