Pierwsza wzmianka o Żydach, którzy w Pińczowie mieszkali i płacili podatki pochodzi z roku 1576, w tym też mniej więcej czasie powstała tu gmina żydowska. Pierwsze przywileje gospodarcze gmina uzyskała od władz miasta w roku 1594. Uzyskała też prawo do wybudowania synagogi. Żydzi mieszkali w południowej części miasta, a także na terenach lokowanego w roku 1592 Mirowa. Dane co do ilości ludności żydowskiej w Pińczowie mamy dopiero z roku 1827; wówczas w mieście zamieszkiwało prawie 3 tysiące Żydów, co stanowiło blisko 70 procent ogółu mieszkańców. Taki stan utrzymywał się do końca XIX stulecia, potem zmalał do 50 %. W październiku 1942 roku całą ludność żydowską hitlerowcy wywieźli do obozu zagłady w Treblince.
Pierwsza pińczowska synagoga powstała na przełomie XVI i XVII stulecia. Wybudowała ja miejscowa strzecha murarska. Program funkcjonalny pińczowskiej synagogi jest przykładem wykrystalizowanego w renesansie układu pomieszczeń, polegającego na organicznym powiązaniu babińca z kwadratową w planie „męską” salą modlitw. Obiekt zlokalizowano w centrum dzielnicy żydowskiej. Jest on orientowany, a jako materiał konstrukcyjny do murów i sklepień użyto kamień na zaprawie wapienno – piaskowej.
Bryła synagogi zachowała się niemal bez zmian, znikły tylko późniejsze, drewniane przybudówki. Nie zachowały się też drewniane, zewnętrzne schody prowadzące do umieszczonego na piętrze babińca. Budynek ma plan prostokąta o wymiarach około 12 na 18 metrów. Wnętrze podzielone jest na trzy pomieszczenia, z których największym jest sala modlitw, przykryta sklepieniem kolebkowym z lunetami. Synagogę nakrywa pogrążony dach, skryty za prostą, całkowicie pozbawioną dekoracji attyką. Naroża budowli wzmacniają potężne, prostopadłościenne przypory.
Wnętrze zostało zdewastowane, głównie w czasie okupacji, kiedy to m.in. rozebrano kamienną bimę, oraz w pierwszych latach po II wojnie, kiedy synagogę używano jako magazyn. Z detali architektonicznych zachowały się: portal pomiędzy przedsionkiem a salą modlitw, część sztukaterii oraz polichromie na sklepieniu tejże sali i w przedsionku /przypisywane Jehudzie Lejbie/, kamienna skarbona z początków XVII stulecia oraz fragmenty odkutej w kamieniu oprawy aron ha–kodesz /ołtarz na rodały/, o formach renesansowego portalu.
Obecnie synagoga jest remontowana, choć postęp prac z pewnością mógłby być szybszy – ich tempo uzależnione jest od pozyskiwanych na ten cel środków finansowych. Na początku lat 70. wykonano inwentaryzację i opracowano wnioski konserwatorskie, w których za priorytetowy dla całego obiektu uznano styl renesansowy. Synagoga przeszła wówczas pod opiekę Muzeum Regionalnego w Pińczowie, a po remoncie miała stać się pawilonem wystawowym. W latach 80. z uwagi na szczupłość środków ograniczano się do prac ratowniczych, aby nie dopuścić do dalszej dewastacji obiektu. Poprawa sytuacji nastąpiła dopiero w latach 90., kiedy zaczęły pojawiać się pieniądze /lub obietnice przekazania pieniędzy/„ze świata”: z Niemiec – od Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej, od środowisk i obywateli pochodzenia żydowskiego ze Stanów Zjednoczonych, z Fundacji Wiecznej Pamięci. Dziś całkowicie wyremontowany, a ściślej: zrekonstruowany został ołtarz na rodały, odbudowano też ogrodzenie synagogi, wmurowując w nie uratowane fragmenty kamieni nagrobnych z miejscowego cmentarza.