W Gorzkwi – tak zapisano nazwę wsi – w latach 1325 – 7 stał kościół drewniany, którego plebanem był Wincenty, a po nim Mikołaj. W roku 1595 wieś należała do Jana Pieniążka z Krużlowej, a parafia do dekanatu witowskiego. W drewnianym kościele pod wezwaniem św. Małgorzaty plebanował Stanisław Kryczski mając do pomocy wikarego. Z roku 1661 mamy informację, ze kościół uważano z konsekrowany, a z roku 1731, że stała przy nim zakrystia, wejścia prowadziły od południa i od zachodu, strop był malowany, posadzka kamienna.
Nie wiemy czy ów kościół spłonął, czy rozebrano go z uwagi na kiepski stan techniczny. Wiemy, że nowy powstał na tym samym miejscu gdzie stał stary i że budowa – z funduszy krakowskiego burgrabiego, Józefa Mieroszewskiego – nastąpiła w roku 1758. Dzięki wizytacji z roku 1783 i zachowanemu z niej opisowi wiadomo, że niewiele odbiegał on od dzisiejszego wyglądu. Nie było przy nim tylko obszernej kruchty południowo-wschodniej, dobudowanej dopiero w roku 1948. Bardzo dobry stan kościoła, według tegoż opisu, w 1. połowie XIX stulecia zdecydowanie się pogorszył. Proboszcz alarmował władze administracyjne, prosił też o środki finansowe na remont. W 1928 napisał, że „dzwonnica spadła” i konieczny jest remont fundamentów świątyni, bo: „…ściany pękają w zamkach, kościół następnie się rozwodzi…”. Upragniony i wyczekiwany remont nastąpił wreszcie w roku 1844. W roku 1916 wymieniono szalunki, w 1930 powstała nowa polichromia. W roku 1970 zmieniono dotychczasowe drewniane ogrodzenie na obecne, kamienne, nie pasujące do zabytkowego zespołu.
Kościół ma kwadratowy, trzynawowy korpus i prezbiterium zamknięte trójbocznie, szerokością równe środkowej nawie. Po obu stronach prezbiterium, symetrycznie dostawione są zakrystia i skarbczyk, od frontu potężna kruchta. Druga kruchta, istniejąca już w roku 1848 /świadczy o tym planik w Dyrekcji Ubezpieczeń/ stoi przy elewacji północno-wschodniej. Kościół wzniesiono w konstrukcji zrębowej, wzmacnianej lisicami. Nakrywają go dachy o więźbie storczykowej, dwuspadowe /nad nawą i główną kruchtą i dwuspadowy z zakończeniem trójpołaciowym nad prezbiterium. Poziom okapu i kąt nachylenia połaci są jednakowe, tak więc różne są poziomy kalenic. Początkowo dach pobity był gontem, ostatnio zastąpionym przez blachę. Elewacje szalowane są deskami o układzie pionowym. Dach wieńczy sygnaturka z arkadkową latarnią nakrytą baniastym hełmem, na którym, na szczęście, ocalało gontowe pobicie.
Nawa główna, oddzielona od bocznych dwoma parami filarków, przykryta jest pozornym sklepieniem zwierciadlanym. Nad bocznymi nawami są pozorne sklepienia w kształcie ćwierćkolebki, nad prezbiterium oddzielonym okrągłołukowym otworem tęczowym jest strop z fasetami.