Drewniany kościół w Gidlach – podobnie mógł wyglądać pierwszy kościół w Pierzchnicy
Parafia w Pierzchnicy powstała – jak pisze profesor Waldemar Kowalski – pomiędzy rokiem 1327 a 1336, wówczas też z pewnością zbudowano pierwszy kościół. W roku 1342 parafia tutejsza należała do dekanatu kijskiego. Z Liber Beneficiorum wiadomo, że stojący wówczas w mieście (około roku 1470) kościół był drewniany, a jego patronką była św. Małgorzata. Miejscowy pleban uposażony był 3 łanami roli w Pierzchnicy i sąsiadujących z nią wsiach, a także łąkami i sadzawka rybną. Pracowało dla niego czterech zagrodników, odrabiając tygodniowo po jednym dniu pańszczyzny. Protokół z wizytacji z roku 1565 informuje, że kościół miał krużganek (ambitus, a po polsku soboty) wymagający remontu – podobnie jak dach świątyni. Remontu dokonano, bowiem z wizytacji w roku 1598 wynika, że był on dobrze utrzymany: ściany w należytym stanie, okna dobre. Zapisano też, że kościół był wewnątrz pięknie ozdobiony, miał malowany strop, a wewnątrz znajdowało się „wyobrażenie Ukrzyżowanego” – pisze Anna Adamczyk. Obok kościoła stała dzwonnica w której zawieszone były dwa dzwony (nie licząc sygnaturki nad dachem kościoła) oraz kostnica. Poza plebanem parafię obsługiwali rektor i kantor szkoły. Przy kościele i szkole był także szpital, w którym zamieszkiwało kilku ubogich, utrzymujących się z jałmużny. Nie wiemy natomiast, kiedy najstarszy, XIV-wieczny obiekt zastąpiony został nowszym i czy w ogóle tak się stało. W każdym razie takie elementy jak dzwonnica, wieżyczka na sygnaturkę czy soboty – pochodziły nie wcześniej niż z 1. Połowy wieku XVI.
Następne wizytacje informowały (a pod tym względem pierzchnicki kościół niczym się nie wyróżniał z przeciętnych opisów) o potrzebach remontów najbardziej narażonych na zniszczenia elementów: dachów, posadzek fundamentów. W roku 1664 odnotowano fakt istnienia przy kościele zakrystii oraz zadaszonego przejścia do dzwonnicy i kostnicy. We wnętrzu stały wówczas 4 ołtarze. W roku 1748 stan kościoła był bardzo zły, zbliżający się do ruiny – a jego dach groził zawaleniem. Ołtarzy było wtedy trzy: główny (z Ukrzyżowaniem) oraz w bocznych Matka Boska i św. Jan Kanty. Posadzka wykonana była z kamiennych płyt. We wnętrzu stała kamienna chrzcielnica. Czy był w kościele chór muzyczny – pewnie tak, skoro organy, a ściślej tak zwany pozytyw „wspomagał liturgię”. O dzwonnicy zapisano, iż stała przy głównym wejściu do kościoła.
Drewniany kościół rozebrano w roku 1840. Wówczas istniał już nowy obiekt, zbudowany w latach 1798 – 1800 z fundacji sandomierskiego wojewody, Macieja Sołtyka i jego małżonki Małgorzaty. Pierzchnicki proboszcz pełnił odtąd kapłańska posługę już w nowym kościele, ale sto lat (nową, murowaną, wybudowano dopiero w roku 1938) mieszkał jeszcze w starej, drewnianej plebanii.
Plan kościoła nie zachował się – jedynie jego zarys zobaczyć można na planie Pierzchnicy, wykonanym w roku 1824 przez Potockiego. Był on orientowany i składał się wówczas z niemal kwadratowej nawy o boku około 10 metrów i z węższego od nawy i mocno wydłużonego prezbiterium (długość ok. 10 m) o trójbocznym zamknięciu, z przybudowaną od strony północnej zakrystią. Niewielki prostokąt stojący na tym planie na północ od kościoła mógł być dzwonnicą (z kostnicą w dolnej kondygnacji). Dwa większe prostokąty, usytuowane na południe od kościoła były to zapewne szpital oraz plebania. Szpital – jak pisze profesor Waldemar Kowalski nie miał żadnego uposażenia i zdany był jedynie na „łaskawość mieszczan”. Jeszcze bardziej na południe kościelnej działki, koło plebani, widać na planie zabudowania gospodarcze. Dziś po kościelnych zabudowaniach nie ma na terenie żadnego śladu. Dawne sacrum tego miejsca upamiętnia tylko krzyż. Poprzedni drewniany, zniszczony został podobno podczas przechodzenia przez Pierzchnicę frontu, przez czołg z namalowaną na nim czerwoną gwiazdą. Obecnie zastępuje go metalowy krzyż otoczony drewnianym płotkiem.
