Fundatorem, dzięki któremu przebudowano kościół i rozbudowano klasztor był Stanisław Branicki. Ojciec B. Makowski w swym „Thesaurusie” napisał: ...ad Annum 1605. Modo promo ad hoc Anno facta certa fundatione per Illustr. D. Branicki Ensiferum Regni, Chencinensis et Leloviensis Capitaneum …
Ustalmy wpierw jak wyglądał chęciński klasztor przed remontem i przebudową, sięgając do opisu obrazującego stan zespołu w roku 1598: …conventus totus ligneus.. – klasztor cały drewniany, ale …habens refectarium… et camera murata… – a więc refektarz i skarbczyk były murowane. Murowane było zachodnie skrzydło, które składało się z trzech sklepionych pomieszczeń, wśród których wyróżniono: refektarza i kuchnię. Nad refektarzem – a więc skrzydło to w części przylegającej do kościoła było piętrowe – była sklepiona „izba nowa, którą niedawno zbudował ojciec gwardian i pięknie urządził”. Część mieszkalną klasztoru (…In dormitorium…) stanowiły cztery nowowybudowane przez gwardiana, „drewnianymi dachówkami (czyli gontem) nowo przykryte”. Były też zabudowania gospodarcze, w tym także murowane i sklepione.
Kacper Fodyga który na „zlecenie” Branickiego przystąpił do robót budowlanych przy klasztorze, zastał murowane skrzydło zachodnie oraz wirydarz otoczony drewnianymi krużgankami, przy których były dormitoria. Istniała też kaplica św. Leonarda ze starym ołtarzem (antiquum), ale nie wiemy ani w którym miejscu stała i jakiego materiału (murowana czy drewniana) ją wykonano. Kolejny opis konwentu pochodzi z roku 1618 i wydaje się, że ukazuje on stan zastany potem przez Bidzińskiego, kolejnego fundatora i dobroczyńcy klasztoru, bowiem niedługo po roku 1618 zmarł Stanisław Branicki (1620) oraz Kacper Fodyga (ok. 1624) co zakończyło definitywnie ten etap powstawania klasztoru.
…Ambitus in quadro muratus…, czyli krużganki w kwadrat wymurowane – napisał wizytujący klasztor w roku 1618 o. A. Cervini. Tak więc drewniane krużganki sprzed lat dwudziestu, zastąpione zostały murowanymi, ale wciąż miały tylko jedną kondygnację. Nakrywał je dach pobity gontem Być może w tym etapie całe zachodnie skrzydło otrzymało piętro, choć nie wiemy jak wyglądały i gdzie były umieszczone schody. Być może do komunikacji pionowej wciąż służyły schody wykonane podczas budowy mieszkania dla gwardiana. W czasach Stanisława Branickiego i Kacpra Fodygi nie zapominano też o wyposażaniu kościoła i klasztoru. Franciszkańska świątynia wzbogacona została o liczne „kościelne aparata” ze złota i srebra a także o 3 obrazy malowane na płótnie, przedstawiające świętych: Dionizego, Salomeę i Katarzynę. Na chórze muzycznym umieszczono „pozytyw o 4 glosach”.
Wizytacje z roku 1638 i 1645 nie zawierają informacji o istotnych zmianach, ograniczając się do ogólnych opisów miasta i obiektów, szczegóły zawierają tylko opisy wyposażenie zespołu. W spokoju upłynął czas do wojen szwedzkich. W roku 1657, kiedy w Chęcinach grasowali Szwedzi i żołdacy Rakoczego, zespół franciszkański uległ częściowemu zniszczeniu, a kilku zakonników zamordowano. Dnia 1 kwietnia 1657 zginęli „od miecza napastników: O. Andrzej Cybulski, O. Walenty Kościerski i O. Florian Zieliński, spowiednik klarysek. Pochowano ich w krypcie kaplicy św. Leonarda, a w roku 1720 ich męczeństwo upamiętniono obrazem i marmurową tablicą.