Najstarszy kościół, a raczej z uwagi na niewielkie rozmiary – kaplica św. Ducha w Chęcinach, stała kilkadziesiąt metrów bardziej na północ, niż obecny kościół. Potem rolę świątyni szpitalnej pełnił kościół Marii Magdaleny, przekazany klaryskom, gdy dzięki funduszom Klary Gręboszowskiej wybudowano nowy kościół św. Ducha. Obiekt powstał dzięki funduszom pani Wilczewskiej i innych fundatorów a także dzięki staraniom księdza Henryka Fodygi.
Ks. Henryk był synem Sebastiana Fodygi, a więc bratankiem Kacpra. Był chęcińskim proboszczem a jednocześnie prebendarzem świątyni szpitalnej. Pełnienie obu tych funkcji ułatwiło mu działania mające na celu uporządkowanie kościelnych spraw prawnych i finansowych. Na prostokątnej działce, położonej na południe od ulicy Małogoskiej, na miejscu kiedyś zwanym Zameczek, a potem Zamczysko (z racji stojącej tam ruiny dworu) – wybudowany został nowy kościół. Stało się to po roku 1658.
Działka – na mocy dokumentu wystawionego przez króla Jana Kazimierza- przeszła na własność klarysek, które ze swych funduszy – oprócz kościoła wyremontowały dom prebendarza.
Kościół, przy budowie którego być może wykorzystano pozostałości dawnego zboru, składał się z prostokątnej nawy i kwadratowego, skierowanego na wschód, prezbiterium. Przy północnej ścianie prezbiterium zbudowano maleńką zakrystię. Obecna ulica Ogrodowa powstała jako dawny dojazd do kościoła.
Kościół św. Ducha zachował swą sakralną funkcję przez około sto lat. W roku 1787, gdy władze dokonały próby uporządkowania majątku kościelnego w Chęcinach, już stał pusty. Planowano go wykorzystać (po odpowiednich przeróbkach) na potrzeby policji lub sądu. Jak się wydaje stan techniczny obiektu nie był najlepszy, toteż wymienione instytucje gdzie indziej znalazły swoje siedziby. W dawnym kościele zorganizowany został zakład produkcyjny: „Fabryka Marmurów”.
Fabryka działała tu niewiele ponad 10 lat: od roku 1820 do powstania listopadowego, kiedy władze carskie fabrykę zamknęły. Budynek kupił jeden z chęcińskich Żydów i postanowił przebudować go na cele mieszkalne. W aktach Dyrekcji Ubezpieczeń znajduje się plan budynku (parteru i pietra) z roku 1848, ukazujący mieszkalną funkcję, a więc stan po przebudowie. Wnętrza nawy i prezbiterium przedzielono stropem na dwie kondygnacje, a ścianami (dotyczy to jedynie nawy) – na mniejsze pomieszczenia. Zmieniła się też bryła budynku – od strony zachodniej dostawiono przybudówkę, taką samą jak przybudowane od wschodu prezbiterium. Jest też możliwe, że wspomniana przebudówka pochodziła z „fabrycznego” okresu dawnego kościoła.
Obecnie w budynku tym trudno dopatrzyć się dawnej świątyni – nadal wyodrębnić można nawę, prezbiterium i zakrystię, nakryte osobnymi dachami. Mylące i utrudniające dostrzeżenie dawnej funkcji, jest nowe rozmieszczenie otworów okiennych – kiedy dawny kościół przystosowywano do roli wielorodzinnego budynku mieszkalnego. zwiększono ilość okien (rozmieszczając je w dwóch poziomach, aby zapewnić dopływ światła do mieszkań. Dach dawnego kościoła „wzbogacono” o kominy, dawniej niepotrzebne, a teraz, w budynku mieszkalnym – niezbędne.