Przekazanie klaryskom kościoła św. Marii Magdaleny – zgodnie z zaleceniami komisji – uwarunkowane było wyremontowaniem przez nie, z własnych funduszy (a ściślej z pieniędzy Marianny Wilczewskiej z Łukowej), kościoła św. Ducha, zniszczonego przez pożarze w roku 1670. Po przejęciu kościoła klaryski (kierowane przez nową ksienię, Teresę Bidzińską, córkę chęcińskiego starosty) przystąpiły do przebudowy i rozbudowy kościoła, chcąc nie tylko powiększyć maleńki (bo zbudowany jako szpitalny obiekt) ale także przystosować go do klasztornych funkcji i ostrych wymogów klauzury. Fundusze nad ten cel przekazał starosta Stefan Bidziński.
Nawę znacząco powiększono w kierunku zachodnim, umieszczając tu na górnym poziomie sklepiony chór klasztorny. Partie kościoła usytuowane w pobliżu prezbiterium przekształcono w taki sposób, aby umożliwić korzystanie ze świątyni przez wiernych, bez zakłócenia rygorów klasztornej klauzury, a zarazem zapewnić dostęp klaryskom na chór. Nie wiadomo, czy obecny kształt rozwiązań komunikacyjnych jest taki sam jak z czasów tej przebudowy, wiadomo bowiem, ze przez jakiś czas (ale być może jeszcze przed tą przebudową) zakonnice dostawały się do kościoła poprzez drewniany krużganek przylegający na poziomie piętra.
Kościół św. Marii Magdaleny jest budowlą orientowaną. Usytuowany jest równolegle do ulicy Małogoskiej, dawniej zwanej Panieńską oraz Niemiecką. Jego bryła ukryta jest w prostokątnym – co do planu – budynku, stanowiącym przedłużenie klasztoru. Z jego prostopadłościennej bryły wysunięte są od północy i od południa prostokątne kruchty, a od południa wieża – dzwonnica.
Kościół wymurowany jest z łomów wapiennych i cegły. Niektóre z murów mają niezwykłą grubość, przekraczającą nawet 4 metry; w północnej ścianie nowej nawy, szerokiej na ponad 3 metry, wykonane jest pomieszczenie, obecnie użytkowane jako składzik. Nieco węższy jest zachodni mur nawy, ale i tak ma ponad 2 metry grubości. Jego wnętrze nakryte jest sklepieniem kolebkowym i kolebkowo-krzyżowym, zdobionym stiukową dekoracją. Światło do wnętrza „starej” nawy dostaje się przez dwa okna w południowej ścianie. Zważywszy, że grubość muru w tym miejscu zbliża się do 5 metrów, światła tego nie jest zbyt wiele, dzięki czemu „klimat” wnętrza bardzo sprzyja modlitewnemu skupieniu. Jeszcze mniej światła jest na poziomie parteru w „nowej” nawie, pomimo znajdujących się tu dwóch okien w elewacji zachodniej i południowej. Dobrze oświetlony jest natomiast chór zakonny, ale w jakimś stopniu wynika to z innego niż zazwyczaj umieszczenia prospektu organowego – tutaj zamiast na osi świą-tyni – usytuowanego przy ścianie północnej. Taka lokalizacja wynikła zapewne z zamierzenia nie rozdzielania przestrzeni chóru na dwie części, co miałoby miejsce przy innym umieszczeniu prospektu.
Prospekt organowy jest barokowy – zbudowany został w 3. ćwierci XVII stulecia. Jest trójwiekowy, malowany na czarno, zdobiony dekoracja snycerską (antropomorficzne maszkarony, woluty, rozety) w kolorze srebrnym. Najciekawszym elementem chóru jest balustrada. Ma ona formę podkowy; w dolnej części dekorowana jest 15 portretami świętych, rozdzielonymi pilastrami, w części górnej wypełnia ją ażurowa kratka.