W schyłku wieku XVII dla wjeżdżających do Chęcin od strony zachodniej od Wrocławia, Przedborza, Małogoszcza, dominantą sylwety miasta (poza zamkiem oczywiście) był kościół klarysek i stojące w jego „cieniu” zabudowania klasztorne. Klasztor założony został przy istniejącym wcześniej kościółku pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, będącym fundacją wójta i chęcińskich rajców, zbudowanym około połowy XVI stulecia (rok fundacji – 1569), z przeznaczeniem na kościół szpitalny.
Kiedy w okresie reformacji kościół parafialny i franciszkański przejęli innowiercy, kościół św. Marii Magdaleny był jedyną katolicką świątynią w Chęcinach. Z analizy planów obecnego kościoła wynika, ze pierwotnie składał się on z prostokątnej nawy o wymiarach ok. 6 ma 8 metrów i z prezbiterium, oddzielonego od niej ścianą tęczowa, które miało plan podobny do półkolistej absydy. Kościół wymurowany był z kamienia a jego nawę i prezbiterium nakrywały sklepienia.
Z opublikowanej w roku 1938 pracy o. Kamila Kantaka wiadomo, że już od roku 1629 w Chęcinach przebywały tercjanki. Ich dom mieścił się w pobliżu klasztoru franciszkanów, a we franciszkańskim kościele miały swoje oratorium. Tercjanki bardzo pragnęły przekształcić swoje stowarzyszenie w formalny klasztor. Udało się to wreszcie Katarzynie (s. Klarze) Gręboszowskiej, która od roku 1630 została przełożoną liczącego 3 siostry zgromadzenie. Ilość zakonnic stale wzrastała, zwiększały się też fundusze zgromadzenia, wnoszone w formie posagów przez nowe zakonnice. Od strony duchowej opiekował się nimi proboszcz szpitalny, ks. Tomasz Gabriel. On też wybudował im dom „mający charakter klasztorku”, zanim w roku 1639 otrzymały tytułem spadku od Sebastiana Fodygi kamienicę Bochińską, usytuowaną przy ulicy Niemieckiej, w pobliżu kościoła św. Marii Magdaleny.
W roku 1640 s. Klara Gręboszowska wystąpiła z pisemną prośba do arcybiskupa gnieźnieńskiego, Macieja Łubieńskiego, o założenie formalnego konwentu klarysek w Chęcinach. Starania te wspierali też dostojnicy państwowi i kościelny i w roku 1642 prymas powołał komisję, której celem było wszechstronne zbadanie sprawy, a w szczególności finansów o nieruchomości zgromadzenia, czy są one dostateczne dla założenia klasztoru. Ze sprawozdania komisji wynikało, że po uwzględnieniu wszelkich koniecznych, wydatków funduszy wystarczy na utrzymanie ponad 9 sióstr. Siostry miały wówczas piętrowy dom przy ulicy Niemieckiej, ze sklepionymi: sienią, refektarzem i kuchnią na parterze, piwnicami oraz 8 celami na piętrze. Do domu przylegał otoczony murem ogród.
Oficjalny dokument prymasa zatwierdzający fundację klasztoru pochodzi z roku 1643 zaś uroczyste „wprowadzenie sióstr za klauzurę” nastąpiło 4 października 1644 roku. Zakonnice miały swój ołtarz Miłosierdzia Bożego u franciszkanów. Urządziły też do modlitw kaplicę. Najazd Szwedów a potem wojsk Rakoczego, zniszczył i wyludnił miasto, w tym także klasztor klarysek. Po wojennych zniszczeniach konieczna stała się naprawa materialnej sytuacji klasztoru – przykład dał król Jan Kazimierz, przekazując klaryskom plac zwany Stare zamczysko. Jego śladem poszła okoliczna szlachta oraz mieszczanie. Zamożność klasztoru wzrastała. Klaryskom brakowało już tylko własnej świątyni. W roku 1673 siostry uzyskały zgodę na przejęcie kościoła św. Marii Magdaleny.