Być może, zanim powstał tu kościół i parafia, rzeczywiście istniała wcześniej kapliczka, ale przed rokiem 1470, gdy magister Bartłomiej budował gotycki kościół pod wezwaniem św. Benedykta, parafia miała już przynajmniej półtora wieku, więc trudno sobie wyobrazić jej funkcjonowanie bez parafialnej świątyni. Modliborzycka parafia figuruje bowiem w spisach świętopietrza z roku 1326, musiała zatem powstać jeszcze wcześniej.
Kolatorem kościoła był świętokrzyski opat, jednak prawo prezenty posiadali przemiennie – opat ze Świętego Krzyża i dziedzic pobliskiej wsi Gołoszyce. Od roku 1563 prawo to przeszło wyłącznie na opata. Sprzed roku 1604 pochodzi informacja, zapisana podczas wizyty kanoniczej, jaką odbył archidiakon zawichojski, ks. Wróblewski, dotycząca dzierżawcy wsi, Jana Kuczkowskiego, okrutnika, który znęcał się nad poddanymi modliborskimi. W roku 1608 opat Bogusław Radoszewski „dał plac w Modliborzycach, na postawienie tam szpitala”.
Gotycki kościół rozbudowano w roku 1896, przedłużając go ku zachodowi i wznosząc dwuwieżową zachodnią fasadę. Rozwiązanie to chwali ksiądz Jan, słowami: …kościół przedstawia się bardzo estetycznie. Niezwykle upiększają go dwie wspaniałe wieże dodane…staraniem ks. Michała Karwacińskiego”. Następny proboszcz, ks. M. Kotowski, kontynuując rozpoczęte dzieło, „podwyższył prezbiterium i wieżyczkę (chodzi o sygnaturkę) na kościele postawił”. W roku 1906 zbudował też nową plebanię. Kościół spłonął prawie doszczętnie jesienią roku 1944. Odbudowano go w latach 1949-55 staraniem ks. Z. Wrońskiego, a rekonsekracja świątyni odbyła się w roku 1960.