Pozostałe części łagowskiego kościoła są późniejsze. Większość ich powstała w wieku XVI – to też wydaje się nie budzić sporu. Kontrowersje mogą powstać, co do dokładnego datowania rozbudowy. Oficjalnie – tak głosi literatura – zasługę rozbudowania świątyni przypisuje się Hieronimowi Rozdrażewskiemu, a to uściśla datowanie na lata 1582-1600, kiedy to pełnił on godność włocławskiego biskupa. Innym argumentem jest ufundowanie przez biskupa Jana Karnkowskiego organów przed rokiem 1581. Jakiż sens w rozpoczynaniu budowy kościoła od organów? I jeszcze jeden argument: na jednym z fresków ściany nawy widniał napis Pax Nobis 1585 AD, mogący pomóc w datowaniu wykonania tychże fresków. Cofnięcie datowania wydaje się konieczne. Tylko o ile lat „przesunąć” zegar. W życiu ludzi, ale także i miast istnieją okresy lepsze i gorsze. Wszelkiego rodzaju inwestycje, także sakralne, wymagają okresu pomyślności, dzięki której można wygospodarować potrzebne fundusze. Ale inspiracją do inwestowania stanowią zwykle okresy niepomyślne, w których dochodzi bądź do zniszczeń istniejącej dotąd substancji, bądź do okresowych zaniechań jej odbudowy czy budowy, zaniechań spowodowanych przez brak pieniędzy, wydawanych najpierw na najpilniejsze potrzeby. Wiedzieli o tym już Rzymianie, tworząc powiedzonko: „Inter arma silent musae”. Myślę, że losy łagowskiego kościoła – w niczym nie umniejszając roli biskupa Hieronima – wynikają ściśle z przebiegu szesnastowiecznych dziejów miasta. Dlatego skłonny byłbym przyjąć tezę, że zdecydowaną większość robót przy budowie kościoła wykonano w okresie pomiędzy latami 30. a 60.
Wiek XVI zaczął się gorzej niż fatalnie – bo tatarskim najazdem z roku 1502, którego skutkiem był ogromny pożar. Na pewno nie przetrwała go drewniana nawa kościoła, tak więc miasto pozostało bez świątyni, ale także utraciło część mieszkańców, a ci którzy przetrwali, utracili dach nad głową. Jakiś czas trwało „odradzanie” się miasta, które – jak pisze Feliks Kiryk – w roku 1534 miało już ok. 600 mieszkańców. Dobrze rozwijał się przemysł i rzemiosło, tak więc – jak mi się wydaje – nic nie stało na przeszkodzie, by zająć się odbudową i rozbudową kościoła już w latach 30. tegoż stulecia, a nie czekać jeszcze pół wieku, tym bardziej, że los nie oszczędził mieszkańcom miasta jeszcze jednego w tym stuleciu kataklizmu – a mianowicie epidemii w roku 1559.
Jest jeszcze jeden aspekt wcześniejszego datowania rozbudowy kościoła. Przyglądając się dokładniej łagowskiej świątyni, przychodzi refleksja, jak bardzo jest ona niepodobna do innych świątyń naszego regionu. Na terenie dawnego (historycznego) województwa sandomierskiego czy też Kielecczyzny w granicach sprzed roku 1976 – nie ma ona żadnych analogii, żadnych wzorców, które mogłaby naśladować. Wytłumaczenie tego jest proste: Łagów należał do biskupów włocławskich, a wiec analogii szukać należy na Kujawach!
Tak naprawdę, to nie trzeba szukać długo. Wystarczy wyjść na Rynek we Włocławku. Od strony północnej, podobnie jak w Łagowie, jego pierzeję stanowi kościół. Jest to kościół parafialny stolicy biskupstwa (katedra jest stąd bardzo blisko) i nosi wezwanie św. Jana Chrzciciela. Jego nawa i prezbiterium mają jednakową szerokość i nakryte są dwuspadowymi dachami. Do prezbiterium od północy przylega zakrystia,zaś do wschodniego przęsła nawy – od północy i południa dobudowane sa kaplice. Niewielka kaplica północna, której ściana stanowi jakby przedłużenie ściany zakrystii oraz południowa kaplica, dość potężna w stosunku do bryły kościoła, nakryta dwuspadowym dachem i sprawiająca wrażenie południowej części transeptu. Do zachodniej ściany nawy przylega potężna wieża, nakryta baniastym hełmem.